一 、内在原因
锦鲤由于先天的遗传基因，后天的生长发育状况、年龄、雌雄、肌体结构、内分泌等的不同，其免疫力也有很大差异。一般个体小、年龄小、生活环境差、营养吸收不好的锦鲤抵抗能力差、容易患病；反之则抵抗能力会强一些。
二、外在原因
锦鲤患病的外在原因包括生物因素、环境因素和人为因素，是疾病发生的重要因素。通常情况下，环境因素不适，鱼体本身体质衰弱、抵抗力下降，水体中有致病病原体存在，人为操作不当，这几种因素共同作用，锦鲤就很容易患病。
1.生物因素
生物因素包括寄生虫、细菌、霉菌、病毒、藻类等各种生物、微生物，它们统称为致病病原体。致病病原体存在于养殖水体中，当鱼体抵抗力下降，加上其他因素的共同作用，就会更加猛烈的侵袭鱼体，使鱼患病。细分的话，生物因素可分为传染性和侵袭性两类病害。
（1）传染性病害指病毒、细菌、真菌（霉菌）等致病病原体，感染鱼体后达到一定数量时，就会引起锦鲤传染性疾病。这类疾病的特点是发病速度快，来势凶猛，死亡率高，如穿孔病等。
（2）侵袭性病害指原生动物、甲壳类动物等致病病原体。它们一旦侵袭鱼体，可引起侵袭性疾病，习惯上称为寄生虫病，如小瓜虫病、车轮虫病、鱼鯴病等。
2.环境因素
环境因素指的是养殖锦鲤的水体的水质，如水温、溶解氧，酸碱度、硬度等指标达不到锦鲤正常生长的要求就会大大增加锦鲤患病的概率。
3.人为因素
人为因素指的是人们在养殖过程中，放养密度混养、饲养管理、捕捞运输操作等技术上的原因。这些因素也非常容易导致锦鲤的疾病发生，需要人们在养殖过程中多加注意，以免让爱鲤生病。
（1）捕捞操作不当，养殖中捕捞锦鲤的情况不可避免，如果小心操作并无大碍，但捕捞操作不当，就会造成鱼体擦伤、鳞片脱落、鱼鳍受伤等不同程度的创伤，继而容易感染细菌，水霉等致病病原体，从而引发更严重的疾病，像水霉就是寄生在鱼体受伤部位的。
（2）放养密度不当，家庭中饲养锦鲤因住房面积所限，养殖水体不可能很大，若放养密度过高，则容易造成鱼只缺氧、缺饵等，鱼只生存环境受到威胁，自身抵抗力也会下降。所以，适宜的放养密度对于饲养锦鲤至关重要。
（3）饲养管理不当，饲养管理不当与鱼病发生有密切的关系，主要包括投喂的饵料不新鲜、饵料中寄生虫或细菌含量高、投喂过量或不足、投喂时间不固定、不注意换水等。饲养管理不当，鱼体抵抗力自然下降，很容易受到致病病原体的侵袭。
总之，无论是内因还是外因，使锦鲤致病的原因是错综复杂、相互关联的。其中，内因（鱼只抵抗力下降）是关键因素，外因是辅助因素。外因的致病因素不同，鱼儿就会表现出不同病症。