关于准噶尔、喀尔喀两部落的矛盾,康熙帝一直希望两部落“息争修好”。在具体实施处理意见上,清廷分几步走:敦促双方和睦方面,一是直接派清廷的使者到准噶尔、喀尔喀赦谕说服；二是赦谕达赖喇嘛令两部停火，不断调兵备边,防止准噶尔部进入。而准备乘机武力解决准噶尔问题,当然,这是前两个决策失效情况下的选择。

早在康熙十六年(1677年),康熙帝听说厄鲁特、喀尔喀彼此交恶兴兵,就谴使分别去两部落做和解工作,后来噶尔丹回复说是谣言。康熙二十五年(1686年),清廷又组织喀尔喀各部首领在库伦伯齐尔举行会盟,协调彼此之间的关系。康熙二十六年(1687年)九月,康熙帝从喀尔喀土谢图汗的上疏中得知,是噶尔月不愿和好,土谢图汗还说,喀尔喀之在厄鲁特处者及厄鲁特之向与喀尔喀通好者,俱言噶尔丹分南北两路来攻"我界上人等惊惶,屡请赴彼,是以出兵迎之。

康熙帝就赶快给达赖喇嘛救谕,令达赖喇嘛遣使让厄鲁特喀尔喀罢兵,特别提到非唯厄鲁特蒙古,俄罗斯、回子等地均不安宁,破败者极众,料想彼等遵行达赖喇嘛之意之时,自可宁谧。可见,康熙帝对准噶尔的影响力的观察是有远见的,准噶尔稳则大清西部可稳矣。康熙二十七年(1688年),康熙帝把说和的希望寄托在达赖喇嘛身上,希望达赖喇嘛能利用宗教领袖的身份,发挥感召力,促成喀尔喀和准噶尔的和解。达赖喇嘛的回复意见是:皇上抚视人民,中外一体,闻厄鲁特、喀尔喀两国相残,即谴人责赦谕和。今遵圣谕,又谴卜克冈喇嘛去矣。

康熙帝还通过达赖喇嘛说合,使喀尔喀和准噶尔和解。但卜克冈喇嘛到达后所起的作用并没有达到希望的那样"西藏方面的调和政策后来有所变化,据达赖喇嘛的使者善巴陵堪卜给康熙奏说达赖喇嘛,令奏圣上,但擒土谢图汗!哲尊丹巴胡土克图,界噶尔丹,则有利于生灵。此两人身命,我当保之。当然这与第巴隐匿达赖圆寂消息(达赖喇嘛于1682年圆寂)并借达赖喇嘛之名发令有关。

康熙二十八年(1689年)正月,清朝又派理藩院尚书阿喇尼、散秩大臣吴巴锡,呼和浩特札萨克大喇嘛阿齐图绰尔济为使,前往噶尔丹主帐所在地科布多做调解工作。八月,阿喇尼等人到达科布多,传达了康熙帝会盟和好的建议。但是,噶尔丹拒绝了康熙帝的建议。

康熙帝两个渠道做工作,对西藏方面又改派伊拉古克三呼图克图和商南多尔济喇嘛往拉萨见达赖喇嘛。康熙二十八年(1689年)四月,伊拉古克三呼图克图到达拉萨后,第巴桑结嘉措将他当作自己的使者,同济隆呼图克图一起去科布多,协助噶尔丹执行下一步行动计划,另遣善巴陵堪布喇嘛为使去北京,向康熙皇帝提出将土谢图汗和哲布尊丹巴呼图克图擒送给噶尔丹,并担保此二人性命不会出问题。康熙帝感觉到,达赖喇嘛被周围的人所蒙蔽,因为达赖喇嘛的行动和康熙帝的策略,始终不得协调,甚至往往产生相反的效果。

尽管多方面多角度调和的结果都没有达到理想结果,但从库伦伯齐尔会盟可以清楚地看到清朝最初的愿望和态度都是要喀尔喀各部和平相处,西藏方面也在战前曾经努力做了和解工作"但是战后,西藏方面表现出的态度和行动,使康熙皇帝从根本上改变了以前对噶尔丹的策略,决定着手备战,出兵征讨。准噶尔、喀尔喀交战,对康熙帝来说,直接关注的更多的是大清边界的安定问题,喀尔喀与厄鲁特,互相攻战,我边塞地方,宜加防守;翁牛特、巴林、克西克腾、四子部落等旗,共派兵二千五百名,暂住苏尼特一带汛地防守。至于喀尔喀作何措置,再行确议。

之后,康熙帝频繁地派使者到西藏请达赖喇嘛派代表进行和解活动。但是,形势却没有丝毫起色。于是,康熙帝在不放弃做调解工作的前提下,准备迎战噶尔丹。

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