初代大木博士在数据中有一套bug队伍，最终没有使用，本作的联盟挑战冠军之前大木博士和阿渡的对白提到这个隐藏的小彩蛋~



阿渡：我的龙之军团居然会输给你，简直太难以置信了！
小驱！从这一刻起，你就是宝可梦联盟的冠军了！
………………
……你以为我会这么说吗？其实你必须再与一个人对决！
这个训练家就是……
大木博士：哎呀哎呀！小驱！祝贺你战胜了阿渡！
怎么了？把你惊讶成那样……
阿渡：哈哈……不是的。是您来的时机太巧。
小驱，将要和你对战的就是……
大木博士！
是吓吓你的……
当然就是小进了！他呢……比你更早就战胜了我们四天王！
现在他才是宝可梦联盟真正的冠军！
大木博士：没错！

本作出现很多款式的路灯，一个城市对应一个，真新镇和红莲镇没有，道路上的路灯有两种款式，另外道馆里面的雕像除了常规款式的，还会三个道馆以特殊装饰，包括花环眼镜胡子荧光特效三种变化，顺便附上各个时期的赤红头像。。。