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民国二年（1913年）4月，章太炎从长春返回上海。7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”。他既骂袁世凯“用心阴挚，正与西太后大同”，又说孙中山“与项城一丘之貉”。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”。以为“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣”。[33] 以为总统改选，“大抵仍宜推举黄陂，必不肯任，然后求之西林”。“黄陂之廉让，可望责任内阁；西林之果毅，可望廓清贪邪”。黎元洪（黄陂）也好，岑春煊（西林）也好，都是清朝旧官僚，民国新军阀，章太炎对这些人寄以厚望，他已彷徨歧途了。6月，章太炎与汤国梨结婚。8月，章太炎“冒危入京师”，一方面看到“京邑崎岖，道路以目”，以为“吾虽微末，以一身撄暴人之刃，使天下皆晓然于彼之凶戾，亦何惜此孱形为”，表示不畏强暴，敢临虎穴；另一方面又以为“共和党势渐扩张，此为可熹”， “连日议员入党者，已增三十人矣，骥老伏枥，志在千里，况吾犹未老耶？”但是，袁世凯对章太炎还是不肯放松，对他加紧迫害，把他软禁起来，梁士诒、赵秉钧等还欲“捏造证据，置章于死”。 民国三年（1914年）1月，章太炎欲乘车离京，为军警所阻。7日，“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯之包藏祸心”，仍被监禁。曾决意绝食，“以死争之”，自云：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，吾何言哉！”直到民国五年（1916年）袁世凯死后，才被释放。在监禁期间，编成《章氏丛书》初编。