明遗的理学主要指生活在清初包括顺治、康熙前期明末遗老的理学，他们的价值取向及政治立场大体属于明代，入清以后不仕清廷，以明遗自居，其本身具有强烈的遗民意识。明遗理学的特征及总体趋势是总结晚明理学的经验教训，反思与批评晚明理学，尤其是王门后学。对晚明理学的批判，以及对王门后学的鞭挞连带王守仁，使理学由王学转向朱子学。反思晚明王学后流空谈误国的结果是注重务实求真，导致经世致用思潮的兴起。

反思与批评晚明理学，其矛盾所向直指王学及其末流的学理讹误和社会危害。
从学理上反思与批评王学。朱之瑜认为王守仁虽然对于理学有贡献，但侈谈良知流于空疏，尤其是后学则杂糅佛家，他对此甚为不满。王夫之对王守仁的知行合一提出批评，以为知行合一说本于佛家，是以知代行，以悟代知，转向内在体认而尽废天下之实理，使儒学变成无用之学。顾炎武在批判王学的基础上提出“理学，经学也”（《亭林文集》卷三，《与施愚山书》）的主张，倡导绾理学于经学之中，在他看来，当时讲的理学是宋代相传下来的，因其杂糅佛老，其实质是禅学，一语道破王学的本质。也不乏有批评王学连带朱熹乃至整个理学。黄宗羲批评一些馆臣修《明史》把儒林与道学分开的做法，进而指出当时的理学与心学皆存在着流弊，主张完整全面的理解儒学，即把心性修养、读书穷理与实际运用结合起来，否则流于空谈无用。
反思与批评王学空谈虚理的社会危害性。朱之瑜“痛愤明室道学之祸，丧败国家，委铜驼于荆棘，沦神器于犬羊。”（《朱舜水集》卷五，《答某书》）认为明朝灭亡多由王学末流空虚所致。张履祥批评王学说：“姚江以异端害正道”，其弊“至于荡灭礼教。今日之祸，盖其烈也。”（《杨园先生全集》卷四，《答沈德孚二》）当今国破家亡、生灵涂炭皆由王学所为。黄宗羲痛斥晚明理学“天崩地解，落然无与吾事”（《南雷诗文集》上，《留别海昌同学序》）的心态。晚明理学诸家流于空疏不切实际，国难当头之际，则束手无策，致使国破家亡。陆世仪针对王门后学聚徒讲学空谈积习，斥之为“晋人清谈”。顾炎武痛砭王学空谈误国之病，他还把明末的空谈孔孟与晋末空谈老庄而相比较，以历史事实说明空谈误国的危害性。
就理学自身而言，明遗对晚明理学尤其是王学的反思与批评发生了二个转向，其一是由王学转向朱子学，其二是由空谈虚理转向经世致用。

由王学转向朱子学的一个重要特征是当时的王学大师们开始接受朱子学，表现为调停程朱和陆王。孙奇逢说：“文成之良知，紫阳之格物原非有异。”（《四书近指》卷一，《大学之道章》）强调王守仁与朱熹之间并非不同，而是各有所侧重。李颙还形象的比喻道：“学术之有程朱，有陆王，犹车之有左轮，有右轮，缺一不可，尊一辟一，皆偏也。”（《四书反身录·孟子下·尽心》）对程朱陆王采取兼顾的态度。黄宗羲指出：“心无本体，工夫所至，即其本体。”（《南雷诗文集》上，《明儒学案序》）强调工夫对王学进行修正，从学理上讲不反对朱熹。孙奇逢、黄宗羲、李颙虽然是王学大师，但面对自身学派所出现的危机，以及来自各方面的批判，已经不可能固守原来的壁垒，于是开始以不同的方式走融合朱陆学术之路。
朱子学中人虽然也调停程朱陆王，但还是偏袒朱熹。朱之瑜尽管调停朱陆，反对陷于朱陆之间的门户之争，但天平还是倾向于朱熹，所谓“陆自不能及朱”说明了这一点。陆世仪尊朱，但不争门户，他认为，程朱的“居敬穷理”和王阳明的“致良知”都是入门工夫，皆可以至于道。张履祥认为，朱熹以躬行实践而获居敬穷理的工夫，是找到了登儒学之堂、入孔门之室的阶梯与门径，只有遵循朱熹之学，才能领会儒学的要领。吕留良重视朱熹《近思录》是服膺其中所讲的儒学正统，他推崇朱熹所著《四书章句集注》并把它视为科举制艺的准绳，是希望通过朱子来扭转世道人心。张履祥首倡朱子学，其影响至吕留良，后经陆陇其、张伯行、汤斌、熊赐履、李光地等儒臣的努力，为清廷所用，朱子学由民间之学遂转变为庙堂之学。
批判空谈心性虚理转向经世致用。早在明万历末年兴起的经世思潮，至清初空前高涨。经世主要是对社会弊端进行针砭，发出“天下兴亡，匹夫有责”的呐喊，清朝建立伊始，理学诸大师，如孙奇逢、朱之瑜、李颙、黄宗羲、顾炎武等，都以不同的方式参加抗清斗争。抗清失败以后，他们都转而著述救世，倡导切实致用之学。倡导学以经世，呼唤以修己治人的实学，代替明心见性的虚理。朱之瑜认为“学问之道，贵在实行。”陆世仪主张为学“皆切于用世。”顾炎武讲求“当世之务”的经世之学。黄宗羲说：“儒者之学，经天纬地”，以期“救国家之急难。”李颙认为，“儒者之学，明体适用之学也。”他们都把儒家经籍视为古代治国安邦经验教训的总结，是经世致用的百科全书，后儒或高谈心性，或把它视为制举之业，皆有悖于儒学宗旨。

他们对儒学经典的研究也体现经世致用的用意。孙奇逢治经不在章句训诂，重在“通人事以致用”，所作《四书近指》服膺实用原则。王夫之治《周易》强调其经世的特色，作《周易》是为阐明社会治乱的缘由、人事得失的道理，以危严的卦爻警戒，希望君臣有所悔悟，改弦更张，励精图治。顾炎武以务实的态度解释《大学》所谓的致知格物，把致知理解为知止，止是止于五伦，物是具体的伦理之物，格物致知不离日常的人伦日用。他不把《春秋》当成纯粹记史之书，认为《春秋》是“天下后世用以治人之书。”（《亭林文集》卷四，《与人书三》）吕留良也重视《春秋》“夷夏之防”的思想，夷夏之防的民族意识既是明清鼎革的社会现实的反映，也是清廷高压政策的结果。
一些理学家或讲学或办书院，通经实践，希望来实现自己的经世主张。如李顒讲学时开出“明体适用”的书目，经书列于榜首，企图恢复儒学的通经致用传统。陆世仪志存致用，提出讲求“切于用世”的六艺实学。其讲学仿宋儒胡瑗湖学教法，设置经义、治事二类，经义则当分为《易》、《诗》、《书》、《礼》、《春秋》诸科，治事则宜分天文、地理、河渠、兵法诸科，体现了通经与致用的结合。
明遗理学以总结明亡的经验与教训为己任，反思与批评理学自身的不合理之处，剔除其腐朽成分，改造完善其体系，对矫挽明末理学诸流弊，理学的发展是有积极意义的。然而随着清廷的日益巩固，大部分明遗的谢世，明遗理学完成了自己的使命，逐渐的退出历史舞台，让位于为新朝政权服务的清廷及儒臣理学。