首先，市面上的小青柑并不都是新会正宗小青柑，很多为外地柑冒充所制。因此，外地柑经过加工后，仍然无法避免有杂味的现象，如苦涩感更浓，适口性差，甚至柑香气中会有蟑螂屎的臭味。正宗小青柑入口舒适无异杂味，柑香和茶香融合度较高，入口舒适，果香悠然，清爽醇滑，滋味协调。假冒小青柑入口杂味异味较重，柑香不足，口感稀薄，苦涩而不回甘，滋味不协调。
其次，很多小青柑在长期不当存储后，重则发生霉变，轻则出现异味。这种异味，通常是由存储环境造成的。小青柑的存放必须远离湿度大、温度高的地方，比如浴室旁；要远离有杂味、油烟的地方，比如厨房；尽量避免放入冰箱内存放。一般来说，将小青柑放于厨房、冰箱的错误储藏做法较常见，这会让厨房和冰箱的杂味干扰到小青柑本身的香气。
另外，小青柑还需要密封保存。很多人会以为密封保存必须是真空状态，其实小青柑仍需留有少量空气，协助其完成陈化。因此最佳的做法是将其放入不直接暴露在空气下的袋子或罐子里。否则时间一久，小青柑由于活性受损，也可能产生异味。