胡适的晚年境况颇耐人寻味。大陆批判他，台湾“围剿”他，弄得这位自由主义大师左支右绌，倍受打击。
早在建国初，北大就讨论过“胡适思想问题”，俞平伯、朱光潜等众多学者纷纷批判胡适，表示膺服马列主义。这种小打小闹并不能令高层满意。毛泽东意欲在文艺界推行历史唯物主义，而身为新文化运动楷模，信奉自由主义、怀疑主义的胡适，成了首当其冲的靶子。可见，那场声势浩大的批胡运动绝非偶然。
1954年9月，山东《文史哲》杂志刊登了李希凡、蓝翎的《关于〈红楼梦简论〉及其他》，矛头直指俞平伯的红学研究。俞平伯的学术研究直接承继胡适，批俞正是批胡的绝佳突破口。迫于巨大压力，“胡适派文人”以及和胡适“沾亲带故”的人相继表态同胡适决裂，撰文痛骂胡适其人其文。中国科学院和中国作家协会还专门成立了一个委员会，由郭沫若任主任，针对胡适的哲学思想、政治思想、文艺思想、历史观等进行集中的、野蛮的批判。
1955年三联书店出版了8大本《胡适思想批判论文汇编》，约200万字。
其时胡适身在美国，抱着一种近似隔岸观火的态度“欣赏”大洋彼岸的那场闹剧，且极富耐心地看完了这8大本奇书。据严秀先生猜测，即便是当时的大陆，恐怕也没谁能读完这些“煌煌巨著”，包括作者。
有一次唐德刚问：“这几百万字的巨著里，难道就没有一点学问和真理？！”
胡适斩钉截铁地答复：“没有学术自由，哪里谈得到学问？”
要说胡适完全心若止水也不尽然，曾身为中国学界领袖的他，眼睁睁看着奋斗大半生才奠定的自由主义基础顷刻间土崩瓦解，心头怎能不掠过一丝落寞与感伤？胡适又是一个重情义的人，目睹当初的师友如今反戈一击，朝他破口大骂，情绪想来好不到哪儿去。胡适最不能接受的或许是得意门生罗尔纲的《两个人生》，胡适虽然坚持认为这只是罗的无奈之作，但终究难以释怀，他后来把罗尔纲的“师门五年记”先后两次郑重送给李敖，分明寄托了些什么……
值得一提的是，胡适直至逝世都未获悉留在大陆的小儿子胡思杜已于1957年自杀身亡的噩耗，在遗嘱中还给这个同他分道扬镳的儿子留了份遗产。
或以为被中共批得体无完肤的胡适，一定被国民党奉若上宾。事实并非如此。蒋介石表面上尊重胡适，却极少采纳他的建议。蒋氏看中的只是胡适海内外的巨大声望，才虚与委蛇，把他当作民主、自由的“花瓶”装装门面而已。
轰动一时的“雷震案”就又一次揭露了蒋介石的真面目。
雷震在国民党败退后创办《自由中国》，大力鼓吹民主自由，胡适当即予以支持，成为挂名发行人。为了避免刺激当局，同时也是性格使然，胡适并不参与《自由中国》的具体活动。
麻烦不久便来了。1956年，《自由中国》利用蒋介石70大寿之际，发行“祝寿专号”，雷震亲自撰写社论《寿总统蒋公》，提出选拔人才、实行内阁制、军队国家化等建议。胡适也乘兴写了篇《述艾森豪总统的两个故事给蒋总统祝寿》，话中有话地规劝蒋介石要做到“无智、无能、无为”。 胡适等人如此“祝寿”，令台湾当局恼羞成怒。蒋介石早对《自由中国》不满，借此机会大做文章，指使御用报刊展开对胡适、雷震、殷海光等《自由中国》灵魂人物的围剿。
就在雷震等人顽强抗争，甚至准备组织反对党的当儿，胡适有些扛不住了。他与夫人江冬秀在美国生计日艰，难以维持，“一钱难倒英雄汉”，于1958年返回台北定居。此后胡适主持中央科学院，实践早年“科学兴国”的夙愿；对《自由中国》则讳莫如深，避而不谈，并劝雷震给当局留点余地。不过胡适毕竟是讲原则的，蒋介石违宪谋求第二次连任时，他始终明确反对。
1960年9月4日，蒋介石命令逮捕雷震等《自由中国》骨干分子，《自由中国》停刊。“雷震案”发生后，正在美国办事的胡适大吃一惊，赶忙拍电报称“政府此举甚不明智”，回来后更为雷震据理力争。然而，军事法庭坚持以“知匪不报”“涉嫌叛乱”等罪名判处雷震有期徒刑10年。胡适闻讯忧心如焚，对记者表示“大失望、大失望”。
胡适在《自由中国》事件中的软弱遭到了台湾自由主义者的质疑，他自己也对雷震抱着深深内疚。1961年适逢雷震六十五岁生日，此前已大病五十六天、郁闷难当的胡适特为好友抄录杨万里诗一首，算作“寿礼”：“万山不许一溪奔，拦得溪声日夜喧。到得前头山脚尽，堂堂溪水出前村。”
尽管“洁身自好”，胡适仍受猜忌，在一次演讲中重弹“西化论”老调后，旋即遭到有预谋、有组织的猛烈围攻。一时“反胡派”气焰嚣张，而胡适本人，在各方夹攻中已心力交瘁，垂垂老矣。
1962年2月24日，饱经忧患的胡适在中央研究会第五届院士酒会上忽然倒地不起，医生接连为他注入三针强心剂均告无济于事。这位为中国科学民主呐喊、操劳一生的自由主义领袖，就这么撒手人寰、与世长辞了。
胡适的墓志铭这样写道：
这个为学术和文化的进步，为思想和言论的自由，为民族的尊荣，为人类的幸福而苦心焦思，敝精劳神以至身死的人，现在在这里安息了！
我们相信，形骸终要化灭，陵谷也会变易，但现在墓中这位哲人所给予世界的光明，将永远存在！