全国二十八个行政区，其中二十一个行省：
析津行省（驻北京顺天府），山东行省（驻益都路），河南行省（驻汴梁路），湖广行省（驻武昌路），
江淮行省（驻南京应天府），浙江行省（驻杭州路），福建行省（驻福州路），广东行省（驻广州路），
陕西行省（驻西京京兆府），四川行省（驻成都路），云南行省（驻云南路），贵州行省（驻贵州路），
辽阳行省（驻东京辽阳府），会宁行省（驻会宁路），广西行省（驻桂林路），安南行省（驻交州路），
临潢行省（驻北京临潢府），甘肃行省（驻张掖路），冀宁行省（驻太原路），安西行省（驻北庭路）。
七个宣慰司都元帅府：
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰司都元帅府（驻乌思藏城）
玉龙杰赤宣慰司都元帅府（驻玉龙杰赤）
吉利吉思宣慰司都元帅府（驻益兰州）
波斯大食宣慰司都元帅府（驻疾陵城）
虎思斡宣慰司都元帅府（驻虎思斡城）
征东宣慰司都元帅府（驻奴儿干城）
镇北宣慰司都元帅府（驻和宁路）
设五京：
北京顺天府，都城所在；
南京应天府
西京京兆府
东京辽阳府
北京临潢府
地方行政采用行省——路——州——县以及行省——路——县两种，只有京才叫府。

军事上，七个宣慰司都元帅府采用军政合一的军管状态，二十一个行省则另设都元帅府作为省一级军区。
都元帅府下设万户府，有管军万户府、军民万户府、屯田万户府之分。万户府下是千户翼，千户翼下是百户所。

监察上，二十一个行省各设肃政廉访司道：
燕山南北道诸路肃政廉访使司
河东山西道
山东东西道
海西辽东道
会宁黄龙道
临潢漠南道
陕西汉中道
河南江北道
江淮南北道
浙江东西道
福建沿海道
荆湖南北道
江西赣南道
广东海南道
广西两江道
贵普思湘道
四川上下道
云南内外道
交趾安南道
河西陇右道
天山南北道
七大宣慰司都元帅府各设军民都镇抚司
乌思藏纳里速古鲁孙军民都镇抚司
玉龙杰赤军民都镇抚司
吉利吉思军民都镇抚司
波斯大食军民都镇抚司
虎思斡军民都镇抚司
征东军民都镇抚司
镇北军民都镇抚司

除此之外，还有一些行省、宣慰司都元帅府治下区域因为地处要冲，设有行都元帅府。
行都元帅府，五个：
安南行省：日南行都元帅府
福建行省：东宁行都元帅府
山东行省：耽罗行都元帅府
征东宣慰司：阿依奴行都元帅府
吉利吉思宣慰司：称海行都元帅府