孔子及其内孔家族Y-DNA之谜解析
在孔氏家族历史上，曾出现过一次几乎灭门的大事。五代残唐时期，孔府有个洒扫户原姓刘，叫刘末，后随主姓孔。孔末于梁太祖乾化三年(公元913年)一天深夜，杀死孔子第四十三代嫡传孔光嗣，并想斩草除根，连同其独子孔仁玉一同杀死。恰巧当时孔仁玉在乳母张妈妈(一说是其外婆)家，孔末追至张妈妈家。张妈妈有个儿子和孔仁玉年龄相仿，她便狸猫换太子，结果自己的儿子被孔末杀死，孔仁玉躲过一劫。此后，孔末便以孔子后裔自居。
孔仁玉在张妈妈家长至十八岁后，向后唐明宗禀明孔末乱孔的真相，明宗派员来曲阜查实，将孔末治罪，并恩准孔仁玉回孔府袭爵。几乎断宗的孔子世家得以中兴。孔氏后世尊称孔仁玉为“中兴祖”。孔仁玉为报张妈妈救命养育之恩，奏请皇上恩准孔府认张家为世代恩亲，张家的后人不管哪一代到了孔府，都必须以贵宾相待。此后，孔府每有重大节日，都请张妈妈家的人参加而且都要坐首席。
而孔末后代在曲阜等地也有繁衍，如今亦有万人以上，俗称“外孔”。历来孔氏家族对内孔、外孔都有明确划分和严格规定，除外孔不准按内孔颁发的行辈字样起名外，还规定，凡属外孔都不能续圣裔孔氏家谱，如有冒宗续谱者，就要获罪。孔末曾剪灭圣裔，冒宗冒爵，是仆随主姓而姓孔，不与内孔同祖同宗，因此，内孔与孔末子孙的外孔永为世仇。
孔子的孔姓出自子姓，是春秋时宋国贵族孔父嘉的后代。而在当时，卫国也有孔姓，源出姞姓；陈国有孔姓，源于妫姓；郑国有孔姓，出自姬姓。上述4支孔姓人后来都有子孙传世，但由于出自子姓的孔姓人因有孔子而地位最高，其余三支为了抬高自己，后来也都自称是孔子的后代，从而隐瞒了自己的真实血统。特别是清代时，全国孔姓与颜、曾、孟三姓联合修谱，凡姓孔的人都被认为是孔子的后代，使用共同的字辈作为辈序，使本与孔子无关的其他三支孔姓人的假冒身份得到了正式确认。从此，要想区分哪些人与孔子有关，哪些人与孔子无关，就更加困难了。
曲阜内孔已检出三种不同的单倍群（C3占46%，Q1a1占27%，O3占20.7%），其中必有一种肯定是孔子的直系后代，其余两种一定是附攀之嫌，只要挖出是孔子遗骨，检测DNA才能确认其中一种。但是，最令人可惜的事件：毛泽东思想红卫兵讨孔战士们，挥舞铁锨，狠刨孔子及其子孙们的坟墓，二千多座坟墓被掘开出了，可见到其子孙遗骸，而孔子墓被掘开却不见遗骸，于是就继续深挖，直到见底也不见遗骸。有一点可以确定的是：而今的孔墓中并没有孔子的真身遗骸。
孔仁玉在张妈妈家长至十八岁后，向后唐明宗禀明孔末乱孔的真相，明宗派员来曲阜查实，将孔末治罪，并恩准孔仁玉回孔府袭爵。几乎断宗的孔子世家得以中兴。孔氏后世尊称孔仁玉为“中兴祖”。孔仁玉为报张妈妈救命养育之恩，奏请皇上恩准孔府认张家为世代恩亲，张家的后人不管哪一代到了孔府，都必须以贵宾相待。此后，孔府每有重大节日，都请张妈妈家的人参加而且都要坐首席。
而孔末后代在曲阜等地也有繁衍，如今亦有万人以上，俗称“外孔”。历来孔氏家族对内孔、外孔都有明确划分和严格规定，除外孔不准按内孔颁发的行辈字样起名外，还规定，凡属外孔都不能续圣裔孔氏家谱，如有冒宗续谱者，就要获罪。孔末曾剪灭圣裔，冒宗冒爵，是仆随主姓而姓孔，不与内孔同祖同宗，因此，内孔与孔末子孙的外孔永为世仇。
孔子的孔姓出自子姓，是春秋时宋国贵族孔父嘉的后代。而在当时，卫国也有孔姓，源出姞姓；陈国有孔姓，源于妫姓；郑国有孔姓，出自姬姓。上述4支孔姓人后来都有子孙传世，但由于出自子姓的孔姓人因有孔子而地位最高，其余三支为了抬高自己，后来也都自称是孔子的后代，从而隐瞒了自己的真实血统。特别是清代时，全国孔姓与颜、曾、孟三姓联合修谱，凡姓孔的人都被认为是孔子的后代，使用共同的字辈作为辈序，使本与孔子无关的其他三支孔姓人的假冒身份得到了正式确认。从此，要想区分哪些人与孔子有关，哪些人与孔子无关，就更加困难了。
曲阜内孔已检出三种不同的单倍群（C3占46%，Q1a1占27%，O3占20.7%），其中必有一种肯定是孔子的直系后代，其余两种一定是附攀之嫌，只要挖出是孔子遗骨，检测DNA才能确认其中一种。但是，最令人可惜的事件：毛泽东思想红卫兵讨孔战士们，挥舞铁锨，狠刨孔子及其子孙们的坟墓，二千多座坟墓被掘开出了，可见到其子孙遗骸，而孔子墓被掘开却不见遗骸，于是就继续深挖，直到见底也不见遗骸。有一点可以确定的是：而今的孔墓中并没有孔子的真身遗骸。
古代Y-DNA Q在中国北方的零散分布，反映了Y-DNA Q是从中东或者中亚地经过新疆一带迁徙至中国内地的。目前，晋语区（山西、陕北、豫北） Q1a1-M120比列高达19~20%，远远高于全国汉族平均水平3.2%，预示着曲阜孔姓Q-M120可能是Q系先祖从西北向东部迁徙的分支。
按照相关资料，内孔在曲阜十万人，而济宁人口808万人（按男性一半计为404万人），则内孔占总人口的2.5%。黄河中下游地区出现C3的年代晚于Q和N，此区域尚无秦汉之前古dna报道发现C。目前，山东汉族C3比列约占10~11%，而鲁南邻省江苏、安徽一带频率较高，各占13~15%。预示着C3*沿海岸向北迁徙途中在长江口有一个向内陆迁徙的分支，土家族、侗族、水族、罗城仫佬族有较高频率（20~30%），可能与这个分支有关。
O3是汉族的第一大父系单倍群，在山东外孔人群和全国孔姓人群中占有较高比例。孔姓人群和随机人群中各单倍群的频率分别为C-M130(1.96%，9.39%)、D-M174(4.31%，2.42%)、 K-R*-M9(1.96%，11.52%)、O*-M175(10.59%，5.15%)、O1a-M119(3.92%，7.88%)、O2a1-M95(0.51%，10.30%)、03*-M122(7.84%，2.42%)、O3a*-M324(11.77%，14.55%)、O3a2*-P201(10.59%，5.46%)、O3a2b-M7(2.35%，2.73%)、O3a2c1*-M134(14.12%，8.18%)、O3a2c1a-M117(21.57%，14.85%)。在全国孔姓人群中，O3总比例大约占有67%。
按照相关资料，内孔在曲阜十万人，而济宁人口808万人（按男性一半计为404万人），则内孔占总人口的2.5%。黄河中下游地区出现C3的年代晚于Q和N，此区域尚无秦汉之前古dna报道发现C。目前，山东汉族C3比列约占10~11%，而鲁南邻省江苏、安徽一带频率较高，各占13~15%。预示着C3*沿海岸向北迁徙途中在长江口有一个向内陆迁徙的分支，土家族、侗族、水族、罗城仫佬族有较高频率（20~30%），可能与这个分支有关。
O3是汉族的第一大父系单倍群，在山东外孔人群和全国孔姓人群中占有较高比例。孔姓人群和随机人群中各单倍群的频率分别为C-M130(1.96%，9.39%)、D-M174(4.31%，2.42%)、 K-R*-M9(1.96%，11.52%)、O*-M175(10.59%，5.15%)、O1a-M119(3.92%，7.88%)、O2a1-M95(0.51%，10.30%)、03*-M122(7.84%，2.42%)、O3a*-M324(11.77%，14.55%)、O3a2*-P201(10.59%，5.46%)、O3a2b-M7(2.35%，2.73%)、O3a2c1*-M134(14.12%，8.18%)、O3a2c1a-M117(21.57%，14.85%)。在全国孔姓人群中，O3总比例大约占有67%。
孔姓家系的Y染色体遗传多态性研究与其法医学意义
孔姓家系的Y染色体遗传多态性研究与其法医学意义【作者】 孙亚男； 【导师】 程宝文； 【作者基本信息】 昆明医科大学， 法医学， 2013， 硕士
Y染色体非重组区域的DNA多态呈父系遗传，且具有种族和地域特异性,父系社会的姓氏与Y染色体具有相同的传递方式。在法医案件中,利用现场生物检材、未知名尸体等检测到的Y染色体遗传标记特征来推测嫌疑人或未知名尸体的姓氏来源,对案件的侦破将具有重要意义。本课题利用中国独特的遗传资源----孔姓男性样本，对12个东亚特异性Y-SNPs位点和17个Y filer试剂盒Y-STRs基因座的进行分型检测，获取孔姓人群的Y-SNP、Y-STR两种遗传标记的遗传信息。与随机无关男性人群进行单倍群频率差异比较，并分析孔姓人群内的单倍型差异及遗传信息，探索姓氏与Y染色体之间的关联性与法医学意义。[方法]收集孔姓无关男性样本共255例，随机无关男性样本330例作对照，均为采血卡血痕样本。采用Chelex-100法和酚-氯仿有机法提取样本DNA。利用两组等级复合扩增体系和SNaPshot技术检测所有样本的12个Y-SNPs位点信息；用Y filer试剂盒对孔姓人群的17个Y-STRs基因座进行复合扩增检测：应用Arlequin3.5.1.2、Network4.6.1.1、SPSS17.0等软件进行数据统计分析。[结果]检测12个Y-SNPs位点,构成了C-M130，D-M174，K-R*-M9，0*-M175,01a-M119，02al-M95，03*-M122，03a*-M324，03a2*-P201，03a2b-M7，03a2c1*-M134，03a2c1a-M117，(?)M9这13个单倍群分型。孔姓人群和随机人群中各单倍群的频率分别为C-M130(1.96%，9.39%)、D-M174(4.31%，2.42%)、 K-R*-M9(1.96%，11.52%)、O*-M175(10.59%，5.15%)、O1a-M119(3.92%，7.88%)、O2a1-M95(0.51%，10.30%)、03*-M122(7.84%，2.42%)、O3a*-M324(11.77%，14.55%)、O3a2*-P201(10.59%，5.46%)、O3a2b-M7(2.35%，2.73%)、O3a2c1*-M134(14.12%，8.18%)、O3a2c1a-M117(21.57%，14.85%)、非M9(3.92%，5.15%)。
O3是汉族的第一大父系单倍群，在山东外孔人群和全国孔姓人群中占有较高比例，大约占有67%。
孔姓家系的Y染色体遗传多态性研究与其法医学意义【作者】 孙亚男； 【导师】 程宝文； 【作者基本信息】 昆明医科大学， 法医学， 2013， 硕士
Y染色体非重组区域的DNA多态呈父系遗传，且具有种族和地域特异性,父系社会的姓氏与Y染色体具有相同的传递方式。在法医案件中,利用现场生物检材、未知名尸体等检测到的Y染色体遗传标记特征来推测嫌疑人或未知名尸体的姓氏来源,对案件的侦破将具有重要意义。本课题利用中国独特的遗传资源----孔姓男性样本，对12个东亚特异性Y-SNPs位点和17个Y filer试剂盒Y-STRs基因座的进行分型检测，获取孔姓人群的Y-SNP、Y-STR两种遗传标记的遗传信息。与随机无关男性人群进行单倍群频率差异比较，并分析孔姓人群内的单倍型差异及遗传信息，探索姓氏与Y染色体之间的关联性与法医学意义。[方法]收集孔姓无关男性样本共255例，随机无关男性样本330例作对照，均为采血卡血痕样本。采用Chelex-100法和酚-氯仿有机法提取样本DNA。利用两组等级复合扩增体系和SNaPshot技术检测所有样本的12个Y-SNPs位点信息；用Y filer试剂盒对孔姓人群的17个Y-STRs基因座进行复合扩增检测：应用Arlequin3.5.1.2、Network4.6.1.1、SPSS17.0等软件进行数据统计分析。[结果]检测12个Y-SNPs位点,构成了C-M130，D-M174，K-R*-M9，0*-M175,01a-M119，02al-M95，03*-M122，03a*-M324，03a2*-P201，03a2b-M7，03a2c1*-M134，03a2c1a-M117，(?)M9这13个单倍群分型。孔姓人群和随机人群中各单倍群的频率分别为C-M130(1.96%，9.39%)、D-M174(4.31%，2.42%)、 K-R*-M9(1.96%，11.52%)、O*-M175(10.59%，5.15%)、O1a-M119(3.92%，7.88%)、O2a1-M95(0.51%，10.30%)、03*-M122(7.84%，2.42%)、O3a*-M324(11.77%，14.55%)、O3a2*-P201(10.59%，5.46%)、O3a2b-M7(2.35%，2.73%)、O3a2c1*-M134(14.12%，8.18%)、O3a2c1a-M117(21.57%，14.85%)、非M9(3.92%，5.15%)。
O3是汉族的第一大父系单倍群，在山东外孔人群和全国孔姓人群中占有较高比例，大约占有67%。
6000年前仰韶文化晓坞遗址发现了一例Q1a1a1-M120，含有少量的北亚和欧洲常染，比龙山文化先民及其现代汉人偏北。仰韶文化是典型的母系社会，被强势扩张的东方龙山文化父权社会彻底取代了，龙山人没有北亚和欧洲成分，我们的父系主体O2-M122就是龙山人后裔，Q1a1a1-M120在北方汉人不到5%。23魔方数据发现，曲阜孔氏Q1a共祖年龄只有700年，C2南支只有1470年，而孔子是生活在2500年前，严重不相符合。