颜元平生注重习行，不尚空谈，故著述不多，有《存学编》四卷，《存性编》二卷，《存治编》一卷，《存人编》四卷，《朱子语类评》一卷，《礼文手钞》五卷，《四书正误》六卷，《习斋记余》十卷等。他的门人锺锌将其言行辑录成《习斋先生言行录》及《习斋先生辟异录》。生平事迹则详载于李恕谷、王源所辑《颜习斋先生年谱》中。

颜元认为中国学术思想演化大势，自孔孟以后，气运日降，儒业日毁，“孟子后之道之学，二千年总成一大谎。”具体认为：“秦火之后，汉儒掇拾遗文，遂误为训诂之学。晋人又诬为清谈，汉唐又流为佛老，至宋而加甚矣。仆尝有言，训诂、清谈、禅宗、乡愿，有一皆足以惑世诬民，而宋人兼之，乌得不晦圣道误苍生至此也！仆窃谓其祸甚于杨墨，烈于嬴秦。每一念及，辄为太息流涕，甚则痛哭！”①


颜元学说与程朱理学有根本分歧，主要是两个方面。第一个方面是关于气质之性的善恶问题。宋儒在观察宇宙和人生时，提出了“理”、“气”两个基本概念。虽然也说，理、气是不可分的，但又认为，理是最根本的、第一性的东西。朱熹说：“未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地。”②在人性论问题上，朱熹同样地把“理”与“气”作为性的根源。认为人禀赋天理产生“天命之性”（又称义理之性、道心），禀赋气质则产生“气质之性”（又称人欲、人心）。我国先秦时期的孟子，只说人性是善的。而说人有“气质之性”，则是宋代二程的发明。朱熹继承此说，认为人的天命之性是“浑然至善”的，专指理而言。而人的气质之性，是理与气杂而言之，人禀受气时有深浅、厚薄、清浊的不同，故性有善和恶的区别。气质之性（人欲）是万恶的根源。

对程朱的理气二元论及理先气后的唯心主义见解，颜元持不同看法。认为不能把理与气割裂。“若无气质，理将安附？”“气即理之气，理即气之理。”③表现了明显的唯物主义倾向。特别是在人性论上，颜元坚持孟子的性善说，反对把人性分为天命之性与气质之性，以及认为气质之性是恶的说法。“若谓气恶，则理亦恶，若谓理善，则气亦善。盖气即理之气，理即气之理，乌得谓理纯一善而气质偏有恶哉！”他以眼睛作比喻：“譬之目矣，眶、皰、睛，气质也。其中光明能见物者，性也。将谓光明之理专视正色，眶、皰、睛乃视邪色乎？余谓光明之理固是天命，眶、皰、睛皆是天命，更不必分何者是天命之性，何者是气质之性。只宜言天命人以目之性，光明能视即目之性善，其视之也则情之善，其视之详略远近则才之强弱，皆不以恶言。”①那么，恶是哪里来的呢？颜元的回答是：来自后天的引蔽习染。他说：“岂不思气质即二气四德所结聚者，乌得谓之恶？其恶者，引蔽习染也。”②譬如人的衣服若著尘触污，人见其失本色而厌观之，命之曰污衣，其实乃外染所成。仅需清洗以去其染著之尘污，虽极垢敝亦不可谓衣本有污。


颜元进一步指出，宋儒认为气质之性为恶的说法，会导致一个严重的社会后果：“将天生一副作圣全体，参杂以习染，谓之有恶，未免不使人去其本无而使人憎其本有。蒙晦先圣尽性之旨，而授世间无志人一口柄。”③他著《存性编》的目的，正是为了“使人知为丝毫之恶，皆自玷其光莹之本体。极神圣之善，始自充其固有之形骸。”④

第二个方面是关于为学的内容与途径问题。颜元极为看重儒家经典学术思想及儒学人才的社会作用，认为这是治国平天下的根本。他说：“盖学术者，人才之本也。人才者，政事之本也。政事者，民命之本也。无学术则无人才，无人才则无政事，无政事则无治平、无民命。”⑤而要使学术起到经世致用、扶危济难的作用和培养出匡时济世的人才，必须反对空谈心性，重视实事实功。他响亮地提出了“利者，义之和也”的命题，对千百年流行的董仲舒的说教进行了修正。他说：“以义为利，圣贤平正道理也。……孟子极驳利字，恶其掊克聚敛者耳。其实义中之利，君子所贵也。后儒乃云：‘正其谊不谋其利’，过矣！宋人喜道之，以文其空疏无用之学。予尝矫其偏，改云：‘正其谊以谋其利，明其道而计其功。’”①


由此，在为学的内容方面，颜元旗帜鲜明地起来反对宋明理学的空疏无用，主张学习实事实物。他认为，尧舜周孔时代的“六府”、“三事”，“三物”，才是真学、实学。“唐虞之世，学治俱在六府三事，外六府三事而别有学术，便是异端。周孔之时，学治只有个三物，外三物而别有学术，便是外道。”②所谓“六府”，是指金、木、水、火、土、谷而言；所谓“三事”，是指正德、利用、厚生而言；所谓“三物”，是指六德、六行、六艺而言。具体地说，就是封建社会中修己治人、经邦济世的实用之学。如他在解释正德、利用、厚生时称：“齐明者，正吾身之德也；耳聪目明肢体健，利吾身之用也；寡欲积精、寡言积气、寡营积神，厚吾身之生也，否则非尧舜之修身也。闲男女之邪心，饬彝伦之等杀，正一家之德也；宫室固、器皿备、职事明，利一家之用也；仓箱盈、凶札豫，厚一家之生也。建学校、同风俗，正一国之德也；百工修，百官治，利一国之用也；仓府实、乐利远，厚一国之生也，否则非尧舜之齐治也。”③


在上述各项内容中，他最经常和明确强调的是“六艺”，即：礼、乐、射、御、术、数。还常将礼、乐、兵、农并举。如说：“礼乐圣人之所贵，经世重典也，而举世视如今之礼生吹手，反以为贱矣。兵学才武，圣教之所先，经世大务也，而人皆视如不才寇盗，反皆以为轻矣。惟袖手、文墨、语录、禅宗为至尊而至贵，是谁为之也！”①他强调礼，是从巩固封建制度的目的出发的：“圣人之道，莫大于礼。……国尚礼则国昌，家尚礼则家大，身有礼则身修，心有礼则心泰。”②他反对重文轻武，则是对宋以后士林风尚的直接批判：“宋元来儒者却习成妇女态，甚可羞。无事袖手谈心性，临危一死报君王，即为上品矣。”③

在为学的方法上，颜元猛烈地抨击理学家的读书静坐、居敬穷理，认为最重要的莫过于习行实践。他一针见血地指出：“朱子教人半日静坐，半日读书，无异于半日当和尚，半日当汉儒，试问一日十二时辰，哪一刻是尧、舜、周、孔？”又说：“终日兀坐书房中，萎惰人精神，使人筋骨皆疲软，以至天下无不弱之书生，无不病之书生，生民之祸，未有甚于此者也。”④读书过多，不仅无益，而且有害：“读书乃致知中一事，专为之则浮学。”⑤因此，只有习行才是最关重要的：“吾辈只向习行上做功夫，不可向语言文字上着力。”“心上思过，口上讲过，书上见过，都不得力，临事时依旧是所习者出。”⑥关于习行的思想，是颜元平时强调最多的。这对于反对当时理学的空疏无用，具有很大的进步意义。自然，他所主张的习行的内容，主要是指封建社会儒士阶层的政治实践与道德实践，也包括一些国计民生所需的实用知识与技能。


有一回，一位学者不甚清楚孔孟实学实行与程朱静坐读书的差异，颜元便用极为形象的语言，描绘出两幅裁然不同的画面：“请画二堂，子观之：一堂上坐孔子，剑佩觽，决杂玉，革带深衣，七十子侍。或习礼，或鼓琴瑟，或羽籥舞文，干戚舞武，或问仁孝，或商兵农政事，服佩皆如之。壁间置弓矢、钺戚、箫磬、算器、马策，各礼衣冠之属。一堂上坐程子，峨冠博服，垂目坐如泥塑。如游、杨、朱、陆者侍，或反观打坐，或执书吾伊，或对谈静、敬，或搦笔著述。壁上置书籍、字卷、翰砚、梨枣。此二堂同否？”①当然，这里所描绘的孔子教育弟子的场面，实际已熔铸了颜元自己的理想。

颜元在肥乡主持漳南书院时，曾议定书院规模，更是全面、具体地显示了他的学术与教育主张：


书院建正庭四楹，曰“习讲堂”。


东第一斋，匾额曰“文事”，课礼、乐、书、数、天文、地理等科。
西第一斋，匾额曰“武备”，课黄帝、太公，以及孙吴诸子兵法，并攻守、阵营、陆水诸战法，射、御、技击等科。
东第二斋，匾额曰“经史”，课十三经、历代史、诰制、章奏、诗文等科。
西第二斋，匾额曰“艺能”，课水学、火学、工学、象数等科。


书院大门内东侧，曰“理学斋”，课静坐，编著程朱陆王之学。大门内西侧，曰“帖括斋”，课八股举业。此二斋“为吾道之敌对，非周孔本学，暂收之以示吾道之广，且以应时制，俟积习正，取士之法复古，然后空二斋”①。


颜元的这种规划，在中国教育发展史上，确属别开生面的创新之举。

① 《颜习斋先生年谱》卷下，《习斋记余》卷3《寄桐乡钱生晓城》。
② 《朱子语类》。
③ 《存性编》卷1。
① 《存性编》卷1。
② 《存性编》卷1。
③ 《存学编》卷1《上征君孙锺元先生书》。
④ 《存学编》卷1《上太仓陆桴亭先生书》。
⑤ 《习斋记余》卷1《未坠集序》。
① 《四书正误》卷1。
② 《习斋先生言行录》卷下。
③ 《颜习斋先生年谱》卷上。
① 《习斋先生言行录》卷下。
② 《习斋记余》卷1。
③ 《存学编》卷1《学辨一》。
④ 《朱子语类评》。
⑤ 《颜习斋先生年谱》卷上。
⑥ 《习斋先生言行录》卷下；《存学编》卷1。
① 《颜习斋先生年谱》卷上。
① 《习斋记余》卷2，《漳南书院记》。