对于“巫蛊之祸”的名词解释，一般是指发生于汉武帝征和元年（公元前92年），给汉王朝的统治带来危机的那场灾难。
所谓巫蛊，就是利用迷信思想，制作象征真人的木偶人埋于地下，请巫师施以巫术进行诅咒，加害他人。据邓启耀在《中国巫蛊考察》一书指出：用纸人、草人、木偶、泥俑、铜像乃至玉人作为其人替身，刻写其姓名或生辰八字，或取得其身上的毛发、指甲乃至衣物，做法为诅咒后或埋入土中，或以针钉相刺。据说，被施术者就会产生同样的反应，刺偶像的哪个部位，真人的哪个部位就会受到感应性伤害。施术者往往在偶像上遍钉铁钉，以折磨仇家，最后才以巨钉钉心，致死对方。
巫蛊是古代妇女相互仇视时，发泄私愤通常惯用的方式之一。汉武帝时的巫蛊之祸最早始于元光五年（公元前130年）。 武帝继位后，窦太后（景帝母）的外孙女陈阿娇被立为皇后。窦太后死后，武帝宠幸出身低微的卫子夫，愤怒的陈皇后便以巫蛊诅咒，以图暗害卫子夫，事为武帝所知。为清除窦太后在宫中的势力，武帝借题发挥，令侍御史张汤调查。张汤受命后，“深竟党与”（《汉书·张汤传》）大兴巫蛊之狱，除陈皇后被判处大逆无道之罪外，因诛连而被杀者多达三百余人。
第二次巫蛊之祸即发生于征和元年，最早从丞相公孙贺家发端。公孙贺的夫人卫君孺是皇后卫子夫的姐姐，因此公孙贺受到宠幸，后继石庆为丞相。公孙贺的儿子公孙敬声为太仆时，骄奢不法，擅自挪用北军军费一千九百万钱，事情败露后被捕下狱。
这时朝廷正诏令各地通缉追捕阳陵大侠朱安世，于是公孙贺自请追捕朱安世，来为儿子公孙敬声赎罪，得到武帝的批准。之后，公孙贺果然将朱安世逮捕。朱安世得知公孙贺抓捕自己是为其子赎罪后，就从狱中上书朝廷揭发说，公孙敬声与阳石公主私通，并在天子去甘泉宫的驰道上埋藏木偶，诅咒天子（《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》）。同时还告发了公孙贺很多违法的事情。
征和二年（公元前91年）春正月，公孙贺被逮捕下狱，经调查罪名属实，父子二人都死于狱中，族诛全家。同时还牵连阳石公主和诸邑公主（都为武帝女儿，生母不详）以及卫皇后弟弟卫青的长子卫伉，全部被杀。然而这场灾祸并未因此而结束【注：唐初颜师古注释《汉书》说阳石公主、诸邑公主为卫皇后的女儿。唐中期司马贞《史记索隐》则称石邑公主、诸邑公主为卫皇后的女儿。二人记载相互矛盾，皆为孤证。《史记》、《汉书》中可确定的卫皇后女儿只有卫长公主一人】。
卫皇后出身奴婢，在朝中本没有根基。其父名不详，母亲冠以夫姓叫卫媪，为平阳侯曹寿府中婢女。曹寿是汉初功臣曹参的孙子，娶武帝姐阳信长公主（即平阳公主）为妻。卫子夫上有一兄二姐，长兄卫长君，长姐卫君孺，二姐卫少儿，卫少儿有子名霍去病。卫子夫又有同母异父兄弟三人，即卫青、卫步、卫广。卫子夫年少时被送往平阳侯家教习歌舞，遂为平阳侯府歌女【注：《汉书·卫青霍去病传》载卫媪为家僮，即奴婢。《史记·卫将军骠骑列传》则称卫媪为（平阳）侯妾】
建元二年三月（公元前139年），武帝去霸上祭祀先祖，祈福除灾。 回宫时顺路去平阳侯在京师的府邸看望阳信长公主。席间，侯府的歌女上堂献唱，卫子夫亦在其中，被武帝一眼看中，就此得到宠幸。 元朔元年春（公元前128年）卫子夫生一男，名据。三月，卫子夫被立为皇后。元狩元年（公元前122年）刘据被立为太子，称卫太子。

江充，本名齐，子次倩，赵国邯郸人。因其妹善鼓琴歌舞，嫁给了赵王太子刘丹，得以成为赵王刘彭祖的座上客。时间长了，太子丹怀疑他将自己的“阴私”告诉了赵王，二人交情遂恶，并使吏收捕他，江齐逃脱。太子便将其父兄抓来杀了。
江齐逃走后，跑到了长安，向朝廷告发太子丹与其同胞姐姐及赵王嫔妃有奸乱，并“交通郡国豪猾，攻剽为奸，吏不能禁”。武帝大怒，派遣使者诏郡发吏卒包围了赵王宫，捕太子丹，下魏郡狱严治，并判其死罪。赵王刘彭祖是武帝的异母兄，上书替太子丹开罪说，江充不过是个受缉捕而逃亡的小吏，现在随便耍弄奸诈，是想借天子的威严以报私怨，并表示愿选赵国的勇士，“从军击匈奴，极尽死力，以赎丹罪”。武帝就赦其死罪，废了王太子地位（《汉书·江充传》）。
之后，武帝在犬台宫（上林苑中）召见了江充。江充身穿织丝禅衣，服饰有些许妇人意味，丝帽上鸟羽作缨，走动时摇冠飞缨，兼之身材魁梧伟岸，容貌气派，武帝“望见而异之”，对左右人说：“燕赵多奇士 。”又问以“当世政事，上悦之”。
后来武帝命他出使匈奴，回来后拜为直指绣衣使者，负责督捕三辅（长安附近地区的京兆、左冯翊、右扶风三个地方。辖境相当于今陕西中部地区）境内的盗贼，“禁察逾侈”。当时“贵戚近臣多奢僭”，江充一一举报弹劾，奏请没收这些人的车马，并把本人押解北军等候随军出征匈奴。贵戚子弟惶恐，都到皇帝那里叩头哀求，表示情愿出钱赎罪。武帝便令他们按各自俸禄地位到北军交钱赎人，朝廷因此得到赎罪钱数千万。武帝以为江充忠直，奉法不阿，言语也合心意。
江充外出，碰上武帝的姑姑馆陶长公主在驰道上坐车行走，就上前察问。公主回答说是太后的诏命。江充说公主一人可以，随从车骑都不行。便把随从处罪，车马没收。江充随同武帝前往甘泉宫，正巧遇上太子的家臣坐着车马“行驰道中”，江充抓了交官处置。太子得知，派人向江充求情说：我并非舍不得车马，实是不想让皇帝知道了怪我平日不管教左右，希望宽恕一次。”江充不理睬，径直上奏。武帝高兴地说：作人臣应当如此！此后江充“大见信用，威震京师”。
不久，江充升迁为水衡都尉。时值阳陵大侠朱安世告丞相公孙贺父子巫蛊事。武帝在甘泉宫养病，江充就奏言说，武帝生病是由巫蛊作祟引起。武帝就让江充负责审查此事。江充率胡人巫师到处挖掘，搜寻地下埋的偶人，又抓捕夜间祷祝和自称能见到鬼的人。还遣人在一些地方泼上血污，假造祷祝现场，以诬他人巫蛊，而后收捕验治，施以“铁钳烧灼”，强迫他们认罪。这样弄得人人互相诬陷，官吏就奏劾这些人大逆不道，牵连受害的前后达数万人（《汉书·江充传》）。

江充治巫蛊冤死这么多人，然而他还不罢手，因为他真正的目的还未达到。《汉书·江充传》载：“上幸甘泉，疾病，充见上年老，恐晏驾后为太子所诛，因是为奸。”也就是说，江充的真正目的是要借巫蛊扳倒太子。“是时，上春秋高，疑左右皆为蛊祝诅”，武帝年老多病，总是怀疑有人搞巫蛊要害他，这一不正常情况正好被江充利用。于是江充就对武帝说“宫中有蛊气，先治后宫希幸夫人，以次及皇后”，“遂掘蛊于太子宫，得桐木人”。
颜师古注引说：这个“桐木人”据《三辅旧事》上记载，是江充指使胡人巫师“作而埋之”。江充以此作为太子巫蛊诅咒武帝的证据，因此“太子惧，不能自明”，于是收捕江充，亲自监斩，并骂道：赵国的奴才，陷害赵王父子还嫌不够吗？又来害我父子！
《汉书·武五子传》对江充等人到太子宫掘蛊及太子监斩江充有详细记载，其中说：江充等人到太子宫掘蛊时，武帝派按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文（宦官）协助江充。江充掘到桐木人时，武帝有病，到甘泉宫避暑去了，只有皇后和太子在宫内。太子召见少傅石德问他该怎么办，石德因为是太子老师的关系害怕被一起处死，就对太子说：公孙贺父子、两位公主以及卫伉一家都被此事牵连而死，现在找到了证据，不知道是巫师故意放在那里的，还是真的就有，我们已无法解释清楚，可以假传诏令把江充等人收捕入狱，“穷治其奸诈”。况且天子在甘泉宫养病，皇后和太子派人请安问候都得不到回复，“上存亡未知也”，而现在他们干出这种事，太子难道不记得从前秦朝太子扶苏被害的事吗？
太子十分着急，认为石德说的是对的。这样，征和二年（公元前91年）七月壬午（初九）日，太子派门客假冒使者，把江充等人逮捕起来。按道侯韩说怀疑使者有诈，不肯接受诏令，门客就杀了韩说。御史章赣被砍伤后逃去了甘泉宫。
太子又派侍从门客无且持符节夜入未央宫长秋门，通过长御女官倚华将发生的事情禀告了卫皇后。然后发中厩（颜师古注曰：中厩，皇后车马所在也）车载射士，打开武器库取出武器，调发长乐宫卫兵，告令百官说江充造反，于是斩江充，烧胡巫于上林苑中。“部宾客为将率，与丞相刘屈氂等战”。长安城中一片混乱。
《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》详细记载了太子刘据与丞相刘屈氂双方率人在长安城战斗的经过，其中说：太子杀江充后，率兵入丞相府，刘屈氂逃跑，连丞相印绶都忘了带。武帝正在甘泉宫避暑，丞相府长史骑快马直奔甘泉宫，将此事向武帝作了报告。武帝问：丞相在干什么？长史回答说：丞相正封锁消息，没有敢发兵。武帝说：事情张扬到这种地步，还封锁什么消息。于是赐刘屈氂玺书说：“捕斩反者……坚闭城门，毋令反者得出。”
太子发兵时告令文武百官说：天子因病困居甘泉宫，我怀疑可能发生了变故，奸臣们想乘机叛乱。因此武帝随后从甘泉宫返回长安城西的建章宫，下诏发三辅地区靠近长安的各县兵，中二千石以下官吏都由丞相调遣。
太子也遣使假传诏令赦免长安城中诸官府中的囚徒，征发看守武库的军队，命少傅石德和门客张光等人分别率领。又派如侯持节调发长水和宣曲的胡骑到长安城中集结。侍郎马通受武帝派遣来到长安，得知此事后追赶如侯将其逮捕，并告诉胡人“节有诈，勿听也”，并引胡骑进入长安。又征调船兵楫棹士，交给大鸿胪商丘成指挥。汉朝调兵的符节是红色的，因为太子持有红色的符节，所以武帝在所发的符节上加黄缨以示区别。
太子想要调发北军，但监北军使者任安接受调兵符节后，返回军营关闭军门不出。太子只好离去，将长安四市百姓约数万人强行武装起来，至长乐宫西阙下时，正碰上丞相刘屈氂率领的军队，双方“合战五日，死者数万人，血流入沟中”。长安城中传言都说“太子谋反”，所以百姓不依附太子，而刘屈氂的兵力却不断加强。太子战败，“南奔覆盎（覆盎：意为不被重视）城门，得出”。
当晚正值丞相司直（辅佐丞相检举不法的官员）田仁看守城门。田仁让太子逃出城，刘屈氂要杀他，御史大夫暴胜之说：司直是二千石的朝廷大员，要斩，当先请示天子，怎么能擅自诛杀。刘屈氂就释放了田仁 。武帝听说后大怒，使人责问暴胜之说：司直田仁放跑反叛者，丞相杀他是依法处置，你凭什么擅自制止丞相？暴胜之惶恐自杀。监北军使者任安“坐受太子节”，朝廷怀疑他有二心，想坐观成败，看谁得胜就归附谁，因此与田仁一同腰斩。马通擒获如侯立首功，封重合侯；长安男子景建跟随马通，擒获少傅石德，封德侯；商丘成力战，封秺（dù）侯。太子门客凡是曾经进出过宫门的，一律斩首；追随太子发兵反叛的，族全家。
武帝下诏派遣处理皇室事务的宗正刘长、执金吾刘敢，携谕旨收回皇后的印玺和绶带，卫皇后自杀。黄门苏文、姚定汉把卫皇后尸体“盛以小棺， 瘗（yì 掩埋）之城南桐柏（亭）。卫氏悉灭”（《汉书·外戚传》）。
太子出逃后，“东至湖（县），藏匿泉鸠里。主人家贫”，靠卖鞋来供给太子。太子有故人在湖县，听说还很有钱，于是太子便使人唤他，由此消息泄露，当地官吏带人前来搜捕。太子估计难以逃脱，便回到屋中，紧闭房门，自缢而死。前来搜捕的兵卒中，有一个名叫张富昌的山阳男子，用脚踹开房门，新安县令史李寿跑上前将太子尸体抱住，解下缢绳。这家主人为保护太子格斗而死，随同太子的两位皇孙也一同遇害。这些事是太子逃离长安二十多天后发生的，武帝为申信用于天下，仍加封赏，封李寿为邘（yú）侯，张富昌为题侯（《汉书·武五子传》并参阅《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》）。

在巫蛊之祸中也不乏头脑清醒的人。在太子兵败，逃出长安，武帝盛怒，群臣忧惧，计无所出之时，壶关三老（三老是指掌管教化的乡官）令孤茂（《汉武故事》记为郑茂）上疏武帝为太子鸣冤，说“江充，布衣之人”，不过是民间乡里的卑贱小吏罢了，天子却对他尊显重用，致使他纠集一批奸邪小人，对太子进行欺诈栽赃、逼迫陷害，使父子至亲关系隔塞不通。“太子进则不得上见，退则困于乱臣”，独自蒙冤，无处申诉，才不忍愤怒起而杀死江充，又害怕天子降罪，被迫逃亡。太子作为儿子，盗用父亲的军队，不过是为了自救，免遭别人的陷害罢了，并非有什么险恶的用心。奏章递上后，武帝受到感动醒悟过来。
过了一段时间，以巫蛊害人相互告发的事，经过调查发现多为不实。武帝也知道太子是因为被江充逼迫 惶恐不安，才起兵诛杀江充，并无他意。征和三年（公元前90年）九月，守卫高帝祭庙的郎官车千秋（即田千秋）再次为太子申诉冤屈，武帝就任命车千秋为大鸿胪，不久又任为丞相。并族灭江充全家，焚宦官苏文于横门渭桥上。泉鸠里刀伤太子的那个人，起初被封为北地太守，后来也被族灭。武帝痛心太子无罪而死， 就修建了思子宫，还在湖县建归来望思之台，意为望而思之，期盼太子之魂归来。百姓闻之无不悲伤难过【大鸿胪：掌管对外事务的官员，九卿之一。原大行令，武帝太初元年（公元前104年）改称大鸿胪】。
因这次巫蛊之祸牵连入狱的人几年不绝，一直到后元二年（公元前87年）二月，武帝临死前来往于长杨、五祚宫之时，望气的方士（观察自然现象并认为自然现象与社会现象有一定内在联系的人）说长安狱中有天子气，武帝就派人把中都官狱的犯人一一抄录清楚，无论罪过轻重全部处死。
丙吉，字少卿，鲁国地方人。原为狱史，因劳积功，慢慢升迁到廷尉右监，后来因犯法丢了官职，回去做了州从事。巫蛊之祸发生后，丙吉以原廷尉监之职，被征召治巫蛊狱。恰逢太子刘据尚在襁褓中的孙子也因巫蛊之祸牵连入狱，丙吉见而怜之，于是挑选了几个谨慎厚道的女犯人，命她们妥为养育。后元二年，武帝因长安狱中有天子气之言，遣人至狱中抄录犯人，准备全部处死。内谒者令郭穰奉命到丙吉所管辖的狱中处理犯人，丙吉紧闭狱门不让郭穰入内直至天明，并说：皇曾孙在此，他人无罪被杀都不允许，况且是皇帝的亲曾孙呢。
郭穰只好还报武帝，并趁机弹劾丙吉。这时候武帝也明白这样做的不对，于是大赦天下。所以史载：狱中犯人“独赖吉得生，恩及四海”（《汉书·魏相丙吉传》）。皇曾孙生病，面临死亡，丙吉又命乳母请医用药，以自己的财物供给衣食，对待皇曾孙十分恩厚。丙吉所救的这个孩子就是后来的汉宣帝刘病已。

汉昭帝继位后，丙吉先为车骑将军军市令，又为大将军长史，大将军霍光十分看重他。昭帝驾崩后，没有继承人，大将军霍光派丙吉去迎请昌邑王刘贺。刘贺继位后，只作了二十七天皇帝，便因为淫乱之事被废黜，霍光与车骑将军张安世等大臣商议继立之事，挑来挑去找不出合适的人选。丙吉写信给霍光说：我私下在民间察访，听百姓的议论，了解到那些宗室王侯在民间没有什么名声。那个名叫刘病已的皇曾孙，现在仍在宫外的百姓家中，“至今十八九矣，通经术，有美材，行安而节和。愿将军详大议”，如不便一下使他显贵，可以先让他入宫服侍皇太后，令百姓知其德行，然后再决定大策。
霍光看过丙吉的奏书后，决定尊立皇曾孙刘病已。昭帝元平元年（公元前74年）秋七月，刘病已进入未央宫，朝见皇太后，谒高庙，继皇帝位，是为汉宣帝。
丙吉为人宽厚，不爱炫耀自己，自从宣帝继位后，他绝口不提起从前，所以朝中没人知道他曾救宣帝于襁褓中的大恩。直到地节四年（公元前66年）宣帝亲政后，掖庭服侍妃子们的一个名叫则的婢女让自己的平民丈夫上疏宣帝，声称自己对宣帝有保育之功。
宣帝把奏章发给掖庭令，让他询问此事。这个名叫则的婢女说，以前的丙吉大人知道是怎么回事。于是掖庭令带着她到御史大夫府让丙吉看看是否属实。丙吉认识那个婢女，对她说：你不就是那个因为养育皇曾孙不谨慎而被罚鞭笞的人吗，怎么能说你有功劳？只有渭城的胡组、淮阳的郭征卿有功劳。丙吉于是上疏宣帝述说胡组等人以前供养皇帝的劳苦。宣帝诏令丙吉寻找胡组、郭征卿，二人都已去世，只有子孙还在，都受到厚赏。宣帝同时赦则为平民，并赏给她钱十万。
这样，宣帝才知道丙吉过去对自己有大恩，却始终不说。宣帝十分感激，封丙吉为博阳侯，食邑一千三百户。神爵三年（公元前59年）三月，丞相魏相去世。四月，丙吉接替魏相担任丞相。五凤三年（公元前55年）正月二十六日，丙吉去世，谥号定侯。

“巫蛊之祸”最初的矛头是指向卫皇后家族和太子刘据的。卫皇后与太子自杀后，巫蛊之祸理应就此结束了。但令人没想到的是，从巫蛊之祸中又牵出了一个案中案。于是巫蛊之祸进一步发展。
戾太子（即刘据）、卫皇后死后第二年，即征和三年（公元前90年）三月，武帝派遣贰师将军李广利率军出五原、御史大夫商丘成出西河、重合侯马通出酒泉击匈奴。李广利从长安领兵出征时，刘屈氂作为丞相又与李广利是儿女亲家去送行。临到渭桥相辞别时，《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》有下述记载：

广利（对刘屈氂）曰：“愿君侯早请昌邑王为太子。如立为帝，君侯长何忧乎？”屈氂许诺。昌邑王者，贰师将军女弟李夫人子也。贰师女为屈氂子妻，故共欲立焉。

这一记载说明，太子刘据死后，作为当时最高军事将领的李广利与丞相刘屈氂互相勾结，妄图立自己的外甥为太子。这在当时是非法的阴谋活动。正当二人做美梦时，又发生了一件惊人的事情，《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》记载如下：

是时，治巫蛊狱急，内者令郭穰告丞相夫人以丞相数有谴，使巫（师）祠（祭祀）社（土地神），祝诅主上，有恶言，及与贰师共祷祠，欲令昌邑王为帝。有司奏请案验，罪至大逆不道。

这段内容的大致意思是：当时巫蛊之事追查得很紧，内谒者令（掌内外传旨通报之事）郭穰告发刘屈氂的夫人因刘屈氂多次受到皇帝责备，所以指使巫师在祭祀土地神时用恶毒的语言诅咒皇帝；并与李广利祭祀时共同祷告神灵，祝愿昌邑王为帝。经案验查证属实，被判处大逆不道罪。
由于巫蛊是一种很迷信的活动，在太子死后经过一段时间，已为一般人所不信。再加上内谒者令郭穰是如何得知丞相刘屈氂家中如此隐秘之事，而加以告发等情况未交代清楚，所以有学者认为郭穰是诬告，不可信。但是如果仔细分析巫蛊之祸的整个过程，郭穰告发的很可能是真的。理由如下：
一、当时人很迷信，许多人是信巫蛊的，武帝也是信的，不然巫蛊之祸不会搞那么大。
二、自从卫皇后和太子刘据自杀后，李广利与刘屈氂早有立昌邑王为太子的阴谋活动，所以在丞相数次被责备的情况下，丞相夫人才去诅咒武帝，并且还伙同李广利在祭祀时祝告神灵保佑昌邑王早日为帝。正因为他们早有这方面的活动，所以李广利在出征匈奴离开长安时，才会对送别的刘屈氂说“愿君侯早请昌邑王为太子，如立为帝”云云。
三、李广利与刘屈氂有搞这种阴谋的条件。李广利是军事上的最高将领，刘屈氂是丞相，如果提出 立昌邑王为太子的意见，朝臣不敢反对。而武帝又年老多病，如果点头，这一阴谋立刻就会变成现实。这就是他们的如意算盘。况且《汉书》对这一阴谋作了明确的记载，而又无任何史料可以推翻这一记载，因此是不能随便主观地加以否定的。
同时，《汉书》还记载了二人阴谋失败后，在这年六月刘屈氂被腰斩东市，妻子枭首华阳街。李广利妻子被收捕入狱，李广利在前线闻讯降匈奴，被灭族，其弟协律都尉李延年也被诛。王船山说：“刘屈氂之攻戾太子也，非果感于（武帝）周公诛管、蔡之言而行辟（行为邪僻）也……此其心欲为昌邑王地耳。太子诛 ，而王以次受天下，路人知之矣……孰使险如屈氂而为相也，则武帝狎宠姬、任广利，而为之左右也。”
商丘成以大鸿胪击太子有功后，升御史大夫。《汉书·武帝纪》载：“后元元年（公元前88年）……夏六月，御史大夫商丘成有罪，自杀。”《汉书·卷十七·景武昭宣元成功臣表》说他“祠孝文庙，醉歌堂下曰‘出居，安能郁郁’，大不敬，自杀。”《资治通鉴·卷二十二·汉纪十四·武帝后元元年》则载：“夏六月，商丘成坐祝诅自杀。”
这两处记载看似矛盾，实际说的是一回事。商丘成在武帝为太子刘据平反恢复名誉后，攻太子的刘屈氂等人又被诛杀，他在击太子时所立下的功劳自然在后来就成了罪行。为发泄不满，所以在文帝庙祭祀时，借酒醉歌辱骂皇室，《汉书》记为“大不敬，自杀”。《通鉴》则记为“坐祝诅自杀”。实为一事。
上述事实说明，在巫蛊之祸的进一步发展中，那些因击太子有功的如丞相刘屈氂、御史大夫商丘成、贰师将军李广利等人，也因搞巫蛊和与此有关联的罪行而被杀。

巫蛊之祸结束后，谋反事件又不断发生。有些直接就是巫蛊之祸的产物，有些则是在这一事件的影响下发生的。现举两件如下：
一、马何罗与其弟马通刺杀武帝事件。《汉书·武帝纪》记载，后元元年（公元前88年）六月，即御史大夫商丘成自杀的同月，“侍中仆射莽何罗与弟重合侯通谋反”。莽何罗即马何罗，注引孟康的话解释，东汉初，光武帝马皇后因其谋反改其姓为“莽”。
《汉书·霍光金日磾传》对此事有详细记载：侍中仆射马何罗最初与江充要好，江充陷害太子，马通在诛太子时力战有功封重合侯。后来武帝知道太子蒙冤便诛江充宗族、党羽，马何罗兄弟害怕诛及自身，遂思谋反。驸马都尉金日磾（dī）感觉到马氏兄弟不正常，便开始怀疑他们，暗中观察、留意他们的动静，与之一同出入宫禁。马何罗也感到金日磾在注意他，所以很长时间都没下手。
这时候武帝到了甘泉宫旁边的林光宫，金日磾因为小病便在宫中直庐（侍臣值宿处）中休息。马何罗遂命马通及小弟马安成矫制夜出，发兵谋反，以为外应，自己进宫准备刺杀武帝。马何罗本打算夤夜动手，因殿内宿卫森严，挨至清晨方得怀利刃进入。正巧金日磾因为病已稍减，便到殿中坐下。刚坐下便见马何罗带刀闯入，直奔武帝卧室，金日磾一把抱住大呼“马何罗反”。武帝惊起，左右侍卫拔刀要杀马何罗，武帝怕误伤金日磾立即制止。金日磾抓住马何罗的脖颈把他推投殿下，侍卫这才抓住马何罗绑了起来。武帝命奉车都尉霍光与骑都尉上官桀（此上官桀非随李广利征大宛的搜粟都尉上官桀）往拿马通、马安成。
《汉书·卷十七·景武昭宣元成功臣表》记载，重合侯马通“坐发兵与卫尉溃等谋反，腰斩”，在诛太子时力战有功的德侯景建坐共同与“莽通谋反，腰斩”。这就是说，这次参加谋反的除马何罗兄弟外，还有卫尉溃、景建等人。他们“发兵”多少、刺杀武帝后又有什么计划，史无记载。从参加谋反的头面人物看有重合侯马通、德侯景建，还有侍中马何罗、卫尉溃等，都是诛太子的有功之臣和武帝的近侍。《汉书·霍光金日磾传》载，这次谋反事件后武帝生病，临死前留下遗诏，封金日磾为秺侯，上官桀为安阳侯，霍光为博陆侯。
二、公孙勇、胡倩谋反事件。《汉书·武帝纪》载：征和三年（公元前90年）“九月，反者公孙勇、胡倩发觉，皆伏辜（罪）。”这次谋反发生于戾太子自杀后的次年，可能是巫蛊之祸激起的反对情绪的一次表现。
《汉书·酷吏传》对这次谋反事件有较详细的记载：田广明，字子公，郑县人。以郎官为天水司马。因功次迁河南都尉，后又迁淮阳太守。岁余，原城父县令“公孙勇与客胡倩等谋反”。胡倩诈称自己是光禄大夫，随从车骑数十辆，受命前来督察盗贼，在陈留驿站的旅舍居住……后来田广明知道了胡倩等人的真实身份，遂“发兵皆捕斩焉”。
公孙勇则身穿绣衣，把自己打扮成朝廷派来的使者，“乘驷马车至圉（县）”。圉县县令让小吏侍候他们，也发觉了他们的真实身份。守尉（代理县尉）魏不害与厩啬夫（乡官）江德、尉史苏昌一起收捕了公孙勇一伙。武帝封魏不害为当涂侯，江德为缭阳侯，苏昌蒲侯。
受封后，有小吏在殿下窃窃私语，武帝问他：你在说什么？小吏回答说：被封为侯的人能不能回关东去？武帝问他：你想不想回去？我也赐你一个爵号。你家乡叫什么名字？小吏回答说：叫遣乡。武帝说：这样好像要遗弃你似的。于是赐小吏爵号关内侯，拥有遣乡六百户的封地。
田广明因为连连擒获大盗，武帝征他为大鸿胪，并擢田广明的哥哥田云中接任淮阳太守。昭帝时，田广明率兵攻益州，赐爵关内侯，调任为卫尉，后又任左冯翊。宣帝刚继位时，田广明接替蔡义为御史大夫，因任左冯翊时议政有功，封昌水侯。一年多后，田广明为祁连将军率兵出击匈奴，到达受降城。受降城都尉刚死不久，装尸体的棺材还停在灵堂里，田广明就召他的寡妻通奸。后来由于失期，率兵空手而归，因此被下狱拘审，不久自杀，封地被除。

巫蛊之祸是一个恶性政治事件，没有一点积极作用，对汉王朝可以说是一场浩劫。皇后、太子自杀，两位丞相公孙贺、刘屈氂被诛杀，两位御史大夫暴胜之、商丘成，一个自杀，一个被杀。贰师将军李广利降匈奴，所率七万大军全军覆没。江充治巫蛊刑讯逼供，“坐法而死者前后数万人”，刘屈氂与太子率军在长安大战，死者又数万人。恐怖笼罩社会，人人自危。国家遭受重大损失。对发生这次事件的原因，后世学者有所探讨，现在结合这些探讨陈述一下个人的看法。
一、统治集团内部矛盾尖锐的表现。汉武帝外事四夷、内事兴作及与此有关的经济政策和用法深刻，使民众痛苦不堪，朝臣也因此分为两派。《资治通鉴·卷二十二·汉纪十四·武帝征和二年》载：

上（武帝）用法严，多任深刻吏（任用的多是严苛残酷的官吏）；太子宽厚，多所平反（经常将一些他认为处罚过重的事从轻发落），虽得百姓心，而用法大臣皆不悦（但那些执法大臣都不高兴）。皇后恐久（害怕长此下去会）获罪，每戒（经常告诫）太子，宜留取上意（应注意顺从皇上的意思），不应擅有所纵舍（不应擅自有所纵容宽赦）。上闻之（武帝听说后），是太子而非皇后（认为太子是对的，而皇后不对）。群臣宽厚长者皆附太子（朝臣中为人宽厚的都依附太子），而深酷用法者皆毁之（而用法严苛的则都诋毁太子）；邪臣多党与（由于奸邪的朝臣大多结党），故太子誉少而毁多（所以为太子说好话的少，说他坏话的多）。

田余庆先生根据历史事实和前人研究成果，探讨了武帝从外事四夷到“守文”的转变时指出：“江充充当了残酷用法臣僚的代表……凭借党羽优势，用非常手段摧毁以卫太子为代表的‘守文’的政治势力，这也许就是巫蛊之狱的实质。”（田余庆著《论轮台诏》）
田余庆这一分析是很深刻的。武帝重法治，任用用法深刻的酷吏，制造了不少冤案，太子为人宽厚，经常将一些处罚过重的事从轻发落，“虽得百姓心，而用法大臣皆不悦”。为什么“深酷用法者”要不高兴呢？很显然，太子如果平反冤案，则有些酷吏的罪行、错误就会暴露出来。武帝已到晚年，如果太子当政他们还有什么前程可言。所以从他们的私利出发，难免要除掉太子。江充就是其中的一个代表。江充同皇后、太子有隙，怕太子当政后被诛，就利用治巫蛊的权力去诬陷、扳倒太子。
上引《资治通鉴》说“群臣宽厚长者皆附太子”，那么太子周围这些“宽厚长者”都有谁呢？武帝元狩元年（公元前122年）立太子，在群臣中挑选石庆为为太子太傅。 《汉书·卷十九·百官公卿表》载，元鼎二年（公元前115年）“石庆为御史大夫”，元鼎五年（公元前112年）“石庆为丞相”。巫蛊之祸时，正是石庆之子石德任太子少傅。在太子发兵后，石德又与宾客张光分别率兵与丞相刘屈氂战，后被马通、景建擒获。石庆、石德父子无论在与太子的关系上，还是从思想体系上来说，无疑是附太子的“宽厚长者”之中的人。
石庆是黄老“无为而治”的力行者。他当齐国相时，“不治而齐国治”（《汉书·石奋传》），齐国为其“立石相祠”，作丞相“醇谨”，是个“宽厚长者”。他曾请求武帝处理用法深苛的所忠和酷吏咸宣，但未成功，自己“反受其过”（《史记·平准书》、《汉书·酷吏传》载有所忠、咸宣事迹）。石庆有数个儿子，但是最喜欢石德。 太初三年（公元前102年）石德为太常，坐法被免官，后为少傅， 在巫蛊之祸中被杀。石庆、石德这样的人亲附太子，与所忠、咸宣、江充一类的人进行斗争，反映了武帝臣僚中两种不同思想、不同主张的斗争。站在太子一边的还有“宾客张光”、“舍人无且”、“长安囚如侯”等，但这些人的事迹缺乏记载。

二、武帝在太子问题上的失误。 《汉书·武五子传》载，元狩元年（公元前122年）七岁的刘据被立为皇太子，“（武帝）为立博望苑，使通宾客，从其所好，故多以异端进者”。《通鉴》也说“故宾客多以异端进者”，下有司马光曰：“夫正直难亲，谄谀易合，此……人之常情，宜太子之不终也。”这是批评武帝对太子的教育不严，让其自行与宾客往来，依他的兴趣行事，使异端进，导致了太子不能善终的严重问题【 注：异端原义为异常征兆，引申为社会主流思想和意识形态对异己思想、理论的称呼。在中国古代，占统治地位的儒家常将儒家学说之外的其他学说、学派统称为异端】。
《通鉴》又载，武帝所幸之王夫人生子刘闳，李姬生子刘旦、刘胥，李夫人生子刘髆，皇后、太子宠浸衰（逐渐减少），常有不自安之意。武帝发觉，对大将军卫青说：

汉家庶事草创（汉朝有很多事还处于初期草创阶段），加四夷侵陵中国（再加上周围的外族侵扰不断），朕不变更制度，后世无法；不出师征伐，天下不安；为此者不得不劳民。若后世又如朕所为（但倘若我的后代也像我这样去做），是袭亡秦之迹也（就 等于重蹈秦朝灭亡的覆辙）。太子敦重好静（性格稳重好静），必能安天下，不使朕忧。欲求守文之主（要找一个能以文治国的君主），安有贤于太子者乎（还有谁比太子能力更强呢）！闻皇后与太子有不安之意，岂有之邪（难道真是这样吗）？可以意晓之（你可以把我的意思转告他们）【《资治通鉴·卷二十二·汉纪十四·武帝征和二年》】。

武帝的这番话表明太子是他理想的接班人，或者可以说刘据是他对接班人的最佳选择。
然而，事情并不这样简单。《汉书·外戚传》载，太始三年（公元前94年）钩弋夫人赵倢伃怀孕十四个月生子弗陵（即汉昭帝）。武帝曰：“闻昔尧十四月而生，今钩弋（子）亦然。”就把孩子降生的那座宫殿的大门称作“尧母门”。武帝在这里把钩弋夫人比作“尧母”，那么把皇后置于何地呢？把刘弗陵比喻为尧，把皇太子又置于何地呢？这究竟是武帝为废太子所做的暗示呢，还是他一贯爱张扬作风的显示而并无其他用意？这种问题实在很难说清楚。
但是，太子与武帝之间存在矛盾确是事实。太子“守文”、“好静”，武帝多欲。武帝任用酷吏处罚的人，太子却给以平反。这种矛盾和武帝发出的上述喻意不准确的信号，实际上起到了鼓励臣下反对太子、反对皇后的作用。《通鉴》记载：

卫青薨（去世），臣下无复外家为据（一些朝臣认为太子不再有母亲娘家的靠山），竞欲构太子（便想陷害太子）。上与诸子疏（武帝与儿子们很少在一起），皇后希得见（与皇后也难得见面）。太子尝谒皇后（太子有一次进宫谒见皇后），移日乃出（时间很久才出来）。黄门苏文告上（武帝）曰：“太子与宫人戏。”上益太子宫人满二百人（武帝便将太子宫中的宫女增加到二百人）。太子后知之，心衔文（心里厌恶黄文）。文与小黄门常融、王弼等常微伺太子过（苏文与小黄门常融、王弼等经常暗中探查太子的过失），辄增加白之（然后添油加醋地向武帝报告）。皇后切齿，使太子白诛文等（让太子禀明皇帝杀死苏文等人）……上尝小不平（武帝有一次感到身体有点不舒服），使常融召太子，融言“太子有喜色”（常融回来后对武帝说“太子面带喜色”），上嘿然。及太子至（及至太子来到），上察其貌，有涕泣处（见他脸上有泪痕），而佯语笑（却强装有说有笑），上怪之（武帝感到很奇怪）；更微问（再暗中查问），知其情（才得知事情真相），乃诛融。皇后亦善自防闲（皇后自己也小心谨慎），避嫌疑，虽久无宠（所以尽管已有很长时间不得恩宠），尚被礼遇（却还能使武帝以礼相待）【《资治通鉴·卷二十二·汉纪十四·武帝征和二年》】。

这说明，从元封五年（公元前106年）卫青去世后， 一些朝臣竟然想构陷太子，而办事的奴才也放肆地在皇帝与太子、皇后之间编造谎言，挑弄是非，太子、皇后稍不留心就会堕入圈套，这是何等险恶的环境。还好武帝明察，识破了宦官常融的诬陷，诛杀了他。这无疑又是向臣下发出一个信息，诬陷太子、皇后，罪不容诛。
然而，征和元年开端的巫蛊之祸，不仅丞相公孙贺一家遭诛杀，连武帝的两个女儿也被诛戮。既然连亲生女儿也可以被处死，那么还有什么不能舍弃的呢？这等于传递给臣下另一个信息，如果太子、皇后搞巫蛊也是可以被舍弃的。这使江充得到了施展阴谋的机会，他以武帝的疾病是巫蛊作祟之言，从武帝手中得到了治巫蛊的权力，以严刑逼供使数万人丧生；又以“宫中有蛊气”从武帝那里得到了入宫掘蛊的权力，使太子、皇后蒙冤自杀。从上述事实不难看出，武帝在太子问题上态度摇摆不定，是巫蛊之祸发生的重要原因。
三、封建专制制度的局限性。中国封建专制主义特征是皇帝拥有至高无上的权力，甚至是绝对权力：决策权在皇帝手里，臣民的意见可以听也可以不听，更谈不上什么科学、民主决策；皇帝不受监督，可以为所欲为，又是终身制、世袭制。在这种情况下，如果皇帝决策严重失误，又一意孤行，就会给国家、民族造成巨大的灾难。
秦始皇在这个问题上犯了严重错误，汉武帝也不例外。他外事四夷、内事兴作，搞得“天下虚耗，户口减半”，小股农民起义纷纷发生，已到了非改弦更张不可的地步，但他就是转不过这弯来。最后，形成了以太子为代表的“守文”派势力和以他为代表的外事四夷、用法深苛的势力。两派不断斗争，后者不能容纳前者。这不仅表现在武帝从臣僚、宦官那里不断听到对太子、皇后的造谣诬陷上，也集中表现在武帝对太子态度的摇摆不定、反复莫测上。最后终于导致了对国家造成重大灾难的巫蛊之祸的发生。从这个意义上来说，中国封建专制制度的局限性是巫蛊之祸发生的制度上的根源。值得注意的是，汉武帝继位之初，总结历史经验，为完善这个制度作出了巨大努力。然而，最后他自己也未能逃脱这个制度的缺陷所造成的失误。