[友情联动]拿“基因同源”做文章的喷子
说的就是这两个ID：
http://tieba.baidu.com/p/4664578211
http://tieba.baidu.com/p/4661094362
这俩好哥俩（或者一个小号+一个小号的马甲）的槽点太多了，咱一个一个慢慢喷。
（一）
这种一看就问题多多的论断， 居然可以被楼主拿来当宝。 唯一的可能：楼主完全不懂基因，以及基因组测序究竟是什么。
在这年头，得到整条染色体，乃至一个物种的DNA序列并不算是难事儿。 真正的困难之处在于如何理解它们，以及如何鉴别其中隐藏的各种功能。 现在的基因学的基础教材， 首先强调的就是同源性（homology）并不等于相似性（similarity）。最具有讽刺意味的是， 我随便在NCBI上找到的入门教材，就指出：
It is incorrect to describe a pair of related genes as ‘80% homologous’ if their sequences have 80% nucleotide identity.
因为， 随便两个基因一对比，要么他俩在演化历程中有所关联， 要么没有。 这是一个非黑即白的问题。 不存在80%的相似，于是就能判定同源这种荒谬的说法。 何况， 我们无法要求同源基因在序列上非得有多少相似性，随机变异可以改变生命之书上每一个字母的位置，怎么可能不出现基因层面“不沧海桑田一番”的现象？
一共就ATCG四个字母， 每代之间每个字母都有一定几率发生变化。 拿纯纯的DNA序列一比对，蒙上，以及蒙不上的相似性绝对不少。 所以同源性研究，往往先把序列转换成氨基酸序列（peptide sequence/amino acid sequence）。因为构成蛋白的氨基酸有20多个， 这样可以大大减少比对时出现的那些无用的相似性。
有时候在演化上并无关联的两个基因，依旧会具备相似的片段。科学家目前是这么理解的： 有时候基因不同源，但由于他们翻译出的蛋白具备相似的功能，于是就需要相似的结构／域。所以序列上也出现了相似性。或者有时候尽管基因不同源，但这些域同源（来自于同一个远古的共同祖先）。有兴趣的可以查一下Tudor domain：在果蝇的tudor 基因上一下就有十个，在另一个果蝇蛋白以及一个人类蛋白上各有一个，目前认为它们和RNA有所互动。
最后，对序列的相似性分析，并不是找到新基因／理解基因功能的万能工具。只有用实验的方式才能真正验证，发展同源性研究的结论。哪怕是入门级别的教科书，也需要整整一章的内容，才能走完目前分子生物具备的各种实验手段。
http://tieba.baidu.com/p/4664578211
http://tieba.baidu.com/p/4661094362
这俩好哥俩（或者一个小号+一个小号的马甲）的槽点太多了，咱一个一个慢慢喷。
（一）
这种一看就问题多多的论断， 居然可以被楼主拿来当宝。 唯一的可能：楼主完全不懂基因，以及基因组测序究竟是什么。
在这年头，得到整条染色体，乃至一个物种的DNA序列并不算是难事儿。 真正的困难之处在于如何理解它们，以及如何鉴别其中隐藏的各种功能。 现在的基因学的基础教材， 首先强调的就是同源性（homology）并不等于相似性（similarity）。最具有讽刺意味的是， 我随便在NCBI上找到的入门教材，就指出：
It is incorrect to describe a pair of related genes as ‘80% homologous’ if their sequences have 80% nucleotide identity.
因为， 随便两个基因一对比，要么他俩在演化历程中有所关联， 要么没有。 这是一个非黑即白的问题。 不存在80%的相似，于是就能判定同源这种荒谬的说法。 何况， 我们无法要求同源基因在序列上非得有多少相似性，随机变异可以改变生命之书上每一个字母的位置，怎么可能不出现基因层面“不沧海桑田一番”的现象？
一共就ATCG四个字母， 每代之间每个字母都有一定几率发生变化。 拿纯纯的DNA序列一比对，蒙上，以及蒙不上的相似性绝对不少。 所以同源性研究，往往先把序列转换成氨基酸序列（peptide sequence/amino acid sequence）。因为构成蛋白的氨基酸有20多个， 这样可以大大减少比对时出现的那些无用的相似性。
有时候在演化上并无关联的两个基因，依旧会具备相似的片段。科学家目前是这么理解的： 有时候基因不同源，但由于他们翻译出的蛋白具备相似的功能，于是就需要相似的结构／域。所以序列上也出现了相似性。或者有时候尽管基因不同源，但这些域同源（来自于同一个远古的共同祖先）。有兴趣的可以查一下Tudor domain：在果蝇的tudor 基因上一下就有十个，在另一个果蝇蛋白以及一个人类蛋白上各有一个，目前认为它们和RNA有所互动。
最后，对序列的相似性分析，并不是找到新基因／理解基因功能的万能工具。只有用实验的方式才能真正验证，发展同源性研究的结论。哪怕是入门级别的教科书，也需要整整一章的内容，才能走完目前分子生物具备的各种实验手段。
主楼的Ref: Genomes, 2nd edition Terence A Brown, Oxford:Wiley-Less 2002 ISBN-10: 0-471-25046-5
这种狗屁不通的文法以及混乱的逻辑，真的和那一楼的兄台很有相似性。 要么这两位共享同一个大脑，要么共享同一个语文老师。
我估计，这货是查阅了类似的教材/科普读物，但没看懂人家上面说了什么。 这个80%的相似性是哪里来的，我很好奇。所谓02年的”研究报告“，让我开始怀疑他所引的知识就是源自Terence A Brown的教材上的内容。因为Terence在”80%“桥段上面就提到了Orthologous genes与Paralogous genes。
第一段是直接复制粘贴百度百科的。 后面两段估计是自己敲的， 所以完全不像人话。
小鼠基因组序列……其中有99%的基因能在人的基因组序列中找到同源序列这个梗，在09年的时候61同志就解释（或者搬运？）得很清楚了：
http://tieba.baidu.com/p/675712947?pn=245楼
这句话的英文起源，我今天贴在这里：
(2002). Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. Nature, 420(6915), 520-562.
如果你读一下原文，就会发现在基因组层面比较DNA序列的话，人和小鼠之间大约有40%的相似性。 这40%的相似性并不代表40%的基因同源。
而同源的基因未必相似，和这位兄台复制粘贴的orthologous gene的定义更不是一回事儿。
那英文原文这段话究竟啥意思呢？ 61的这楼已经说得够白了：
我列出两个数列
A：1，2，3，4，5，6，7，8，9，10
B：2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24
A数列中90%的数字都能在B数列中找到，您敢说两数列相同程度高达90%吗？
实际上A与B的关系就类似于鼠基因组与人基因组的关系。
鼠的基因99%能在人基因组中找到同源序列（再次重申，同源并非相同），但人的基因组返回去对应鼠的话，可就有的是基因在老鼠身上找不到同源序列。
顺便科普一下其中的术语：
Synteny：同一个物种的多个基因都在同一个染色体上。
conserved synteny：A物种的几个基因在同一个染色体上，B物种的那几个共祖基因也在同一个染色体上（顺序不论）。
conserved segments：A物种的几个基因在同一个染色体上，B物种的那几个共祖基因也在同一个染色体上，且顺序相同。
Conserved segments在所有的哺乳动物身上都能找到，人和河豚鱼大约在4.5亿年前分化，依旧有conserved synteny。
最后这个傻逼不清楚阿蛇展示conserved synteny的意义。因为这是进行orthology鉴定的最好方式啊混蛋！听说过Hox gene么？ （还可以维基一下Shared synteny嘛）
有个喷子/马甲插楼影响了阅读，被楼主拆迁了莫怪。
你要是真有啥建设性意见，现在可以提了。 人身攻击啥的就算了，就凭你的中文能力... 别丢脸了， 真的。 要是你真有女儿的话，我还真替她（的基础教育的果实能不能保住）捏一把汗...
你要是真有啥建设性意见，现在可以提了。 人身攻击啥的就算了，就凭你的中文能力... 别丢脸了， 真的。 要是你真有女儿的话，我还真替她（的基础教育的果实能不能保住）捏一把汗...