清朝顺治二年（公元1645年），多尔衮派多铎挥军南下，灭亡南明弘光政权。多铎兵分两路，分别从亳州、徐州两地向南逼近，一路势如破竹，直指扬州城。同年四月，南明江淮地区的防御线被清兵成功突破，随后在降清明将许定国的带领下，扬州城被清水陆两军包围。扬州告急，守卫扬州的史可法立即向南明朝廷求援，结果在得不到南明任何回应的情况下，史可法统率着扬州军民殊死抵抗，坚守扬州城。

清兵围住扬州城之后，多尔衮立即写信给史可法及翰林学士卫允文等人，以高官厚禄诱惑史可法投降，但遭到了史可法的拒绝。由于扬州城城墙比较高，而清兵的大炮还没有及时运到，所以多铎并没有急着攻城，而是一遍又一遍地派人去招降史可法。此时清兵是万事俱备只欠东风，而南明朝廷那边却是杳无音信，这场战斗的胜败已经非常明显。史可法知道扬州保不住了，但他此时已存死志，抱着与扬州城共存亡的信念。
但别人不这么想，四月二十一日，总兵李栖凤、监军副使高岐凤带着自己的人马出城投降，这样一来，本就岌岌可危的扬州城情势更加危急。四月二十四日，清兵等待的“东风”——红夷大炮来了。于是清兵迅速展开了攻势，史可法再一次向南明朝廷请求支援，仍旧没有得到任何回应。这场攻城战结束得非常快，四月二十五日，由于扬州城内弹尽粮绝，清兵攻入扬州城。
史可法曾经在城破前问过副总兵庄子固，如果扬州城陷落了他愿不愿意为国尽忠，庄子固的回答是肯定的。可当扬州陷落，史可法请求庄子固杀死自己的时候，庄子固却无论如何下不了手。无奈史可法只好拔剑自刎，由于没有伤到要害，他一时之间没有死掉，只是流血不止。这时史可法请求自己的养子史德威给他一个痛快，但史德威也不忍心杀死他，混乱之中几人被清兵抓住，最终庄子固力战而死，史可法则被抓到多铎面前。

多铎劝降史可法，遭到了史可法的严词拒绝，于是多铎下令将史可法送到军前处死。史可法死后，他的部下刘肇基、马应魁等人仍旧带领着残存的南明士兵和城中的居民与清兵展开巷战，经过一番激烈的战斗之后，清军才完全占领了扬州城，史可法的十九名幕僚在这场战斗中全部遇难。
由于扬州的城防全线崩溃，清兵入城之后开始挨家挨户地劫掠金银财宝，此时他们并没有把屠刀挥向扬州百姓，但这只是暂时的，很快清军就开始屠杀扬州百姓。那么，清军为什么会屠杀扬州百姓呢？主要有以下几个方面的原因。
首先，由于此前清兵南下一路都很顺利，攻城略地、锐不可当，没有遇到特别有力的抵抗，直到攻占扬州城时，才遇到了扬州城守将的拼死抵抗。而且在这场攻城战中，清军一连损失了三名将领、一个王子，在战斗中损失的士兵也不计其数，可谓是损失惨重，因此他们为了报复就大肆屠杀扬州百姓。

此外，扬州商业繁荣，手工业发达，自古以来就是富庶之地，而且扬州的百姓自从李庭芝、姜才抗元以来就有悠久的反抗外敌的传统。而这一次清军的侵略，又一次激起了他们的反抗热情。因此在清军攻城时，扬州的百姓踊跃参战，他们帮助南明士兵修筑城防、赶制武器。
在史可法召集志士参与守城时，为了免去儿子的后顾之忧，一位老母亲居然一头撞死在石碑上。扬州的少年自发组织起来伏击清军，城破时为了免受侮辱自杀的妇女更是不计其数。扬州百姓的顽强抵抗，惹恼了清兵总指挥多铎，为了报复扬州城的百姓，也为了威慑江南地区拼死抵抗的军民，破城之后多铎才下令屠城，对扬州城中手无寸铁的百姓展开了令人发指的血腥屠杀。
在戴世明所著的《扬州城守纪略》中是这样记录的，“至是城破，豫王下令屠之，凡七日乃止”。但封刀令并没有及时止住这场血腥的屠杀，根据幸存者王秀楚在《扬州十日记》中的记载，大屠杀整整持续了十天，史称“扬州十日”。在这场屠杀中，扬州死难的百姓多达数十万人，那个被历代诗人极力赞赏“禅智山光好墓田”的扬州城，变成了遍地残尸、血流漂杵的修罗场。

王秀楚在《扬州十日记》中详细地记载了扬州人民在那场惨烈血腥的屠杀中所遭受的劫难和清军令人发指的暴行，但由于这本书被清朝廷禁止的缘故，很长一段时间里人们对当初的屠杀毫不知情。直到辛亥革命爆发前夕，留学日本的爱国学生进入东京和大阪的图书馆中，将幸存的《扬州十日记》《嘉定屠城纪略》等书影印一份传到了中国，“扬州十日”才曝光于世。
除了“扬州十日”之外，“嘉定三屠”也是汉民族历史上不可磨灭的灾难。
清军入关之后，为了巩固自己的统治，消除汉民的抵抗心理，清王朝一开始采取的政策是轻徭薄赋，取消一系列苛捐杂税，并公开废除剃发易服令，以此来安抚民心。事实证明清廷所采取的政策是明智而有效的，被安抚的平民百姓并没有做什么抵抗。说白了，谁当皇帝不是当，老百姓想要的不过是有尊严地活下去而已。但随着清军占据北京，局势基本稳定后，剃发易服令被重新提上了日程，这件事的始作俑者是明朝降臣孙之獬。

由于当时南明政权仍在，天下未定，清朝廷允许明朝的降臣仍旧穿明朝的服饰上朝，只不过在朝堂上，满汉两族的官员各站一边。但是汉臣孙之獬为了向清廷邀宠献媚，不但将自己的头发剃成满族男子的发型，更身着满族官吏的服饰上朝，入朝站队的时候，孙之獬觍着脸站到了满族官员的队伍之中。
按照满族的习俗，满人的发型一般都是前脑的头发剃光，后脑的头发留成辫子垂下，在当时的一部分满洲贵族看来，剃发是上等人的专利，那些战败的异族是没有资格剃发的。满族大臣们自诩高人一等，当然不容许孙之獬这个降臣和自己站到一块儿，于是七手八脚地把他从满臣的行列里推了出来。另一边的汉臣一看这情形都掩面窃笑，他们笑孙之獬自讨没趣，低三下四地拿热脸去贴人家的冷屁股。
孙之獬闹了个大红脸，简直丢人丢到家了。满臣不接受他，他只好再回到汉臣的行列之中，但汉臣官员们也讨厌他曲意逢迎、邀宠献媚，一个挨着一个站，不给孙之獬留地方，孙之獬被两边排斥，狼狈不堪。可他肯定不能跟皇帝告状，说满族大臣的不是，毕竟柿子还要挑软的捏。于是，恼羞成怒的孙之獬写了一纸奏章呈给了清朝廷，在奏章中强烈主张剃发易服。

而清朝廷这边早就有重拾剃发易服令之意，当初废除剃发令不过是为了平息汉人的不满和反抗所推出的权宜之计。现在天下大势基本上已经平定，为了巩固清王朝的统治，摧毁汉族人民的民族意识和民族自尊，清顺治二年（公元1645年），多尔衮借着孙之獬的上书下令再次颁发“剃发令”，强令异族人剃发易服，剃发令的执行口号是“留头不留发，留发不留头”，限定全国男性官民，十日之内全部剃发。
与剃发令一起颁布的是易服令，规定剃发之后不许穿本民族衣冠，而要改穿满族服饰，如长袍马褂等。不同的民族有不同的文化习俗和服饰，汉族也不例外。汉族人民受儒家思想的熏陶已有两千年之久，极为重视孝道和衣冠服饰，认为身体发肤，受之父母，不敢有所毁伤。汉族女子年满十五岁，就要举行及笄礼，表示已经到了可以婚配的年龄；汉族男子二十岁，便要举行加冠礼，以示成年。无论男女，成年之后便不可再剃发，而是将头发绾成发髻盘在头上。而且汉族人民的民族服饰——汉服更是历史悠久，从黄帝开始一直延续至明末清初从未断绝，清王朝颁发的剃发易服令无疑是在践踏汉族及其他少数民族人民的尊严，严重伤害到了汉族人民和其他少数民族人民的感情。

为了保护世代传承的衣冠文化，汉族和其他少数民族人民纷纷起来反抗清王朝的统治，原本已经归降清王朝的地方又开始了顽强的抗争。清王朝为了平定各地的反抗，采取了暴力镇压的方式，整个中国大地陷入了一片腥风血雨之中，江南人民的另一场浩劫——嘉定三屠就是在这样的历史背景下发生的。
顺治二年（公元1645年），多铎率清兵占领了南明都城南京，由此宣告了南明政权的覆灭，清朝的统治得到了进一步的巩固。明朝降臣钱谦益、赵之龙等人认为江南民众柔弱，不必大举用兵，但没想到剃发令颁发之后，一向民风柔弱的江南地区却展现出了前所未有的强硬姿态，无论士大夫还是平民百姓，在保卫汉文化和汉族风俗方面，各阶层人民都达成了惊人的一致，松山、昆山、苏州、嘉兴、绍兴、江阴、嘉定等地的百姓不约而同地反抗清朝廷的暴行，其中反抗最为激烈的嘉定遭到了清兵残酷的报复。
顺治二年（公元1645年）六月，清廷派出张维熙任嘉定县令，在嘉定县令强制剃发之后，嘉定人民愤而起义，城中居民自发组织起来打败了前来清剿的清军，然后推选出当地乡绅黄淳耀、侯峒曾两人作为起义军的首领。

黄淳耀与侯峒曾在与众人商议之后决定划地而守，在城上悬挂一面“嘉定恢剿义师”大旗，并自制武器抵抗清军。
吴淞总兵李成栋接到嘉定乡民起义的消息后，立刻派出五千士兵镇压，黄淳耀等人立刻向南明总兵吴志葵求援，但不幸的是，吴志葵派出的两百多名援兵遭到李成栋的伏击全军覆没。而且虽然嘉定乡民抗清意愿强烈，但他们根本没有作战经验，无法和正规的清军相抗衡，尽管如此，那些乡民还是不屈地与清兵作战，更在一次伏击中杀死了李成栋的弟弟。
此后，愤怒的李成栋杀死上万起义乡民，又派兵以红夷大炮攻城，在清兵的迅猛攻势下城池很快失陷。侯峒曾投水自杀不成，被清兵拖出来斩首，他的两个儿子也被杀害，黄淳耀在写下遗言后自杀。这个时候李成栋仍不解恨，在掳掠财宝妇女之余，又令士兵屠城，仅屠城一天，城中就有三万人遇害。
李成栋血腥的镇压没有吓倒意志坚定的嘉定乡民，大屠杀过后，嘉定幸存的乡民偷偷溜回了城里，见到城中数万百姓横死街头的惨状之后，他们对清廷的统治更为痛恨。在抗清义士朱瑛的号召下，幸存的两千多人重新集结起来，杀死了清军委派的官吏和归降的汉奸。嘉定城外被打散的乡兵也聚集在葛隆和外冈两地，继续和清兵作战，甚至歼灭了李成栋的一个小分队，结果葛隆和外冈的居民被李成栋的大军尽数屠杀。

李成栋新任命的县令浦嶂更是丧心病狂，不仅将曾经的好友全家上下都杀掉，还对李成栋说：“如果不把这些居民都杀死，那么将来一定会留下后患。”结果，李成栋采纳了他的建议，嘉定幸存的人民遭受了二次屠戮。在浦嶂的带领下李成栋的士兵杀入城中，将城中安睡的居民屠杀殆尽。
不久之后，南明遗将吴之番带领着手下的士兵反攻嘉定城，嘉定周围的乡民纷纷起而响应，一时之间杀得城内清军四散而逃。许多乡民听说这个消息都来到嘉定城中避难，但好景不长，李成栋很快带着士兵反击，吴之番手下的士兵和乡民毕竟缺乏实战经验，敌不过李成栋所率领的清军，结果吴之番和他手下的士兵战死，城中避难的两万名无辜百姓也被清兵屠杀，这就是著名的“嘉定三屠”。
经过血腥的嘉定三屠之后，江南地区尸横遍野，剃发易服令在白骨累累的江南地区得以推行。全国各地反清的战火也逐渐熄灭，因为敢明着抵抗清军的人都已经遭到了屠杀和清洗，汉族人民再也无法对清王朝的统治组织有效的抵抗。虽然不能明着抵抗，私下里汉族人民仍旧以另外一种形式抵制着清朝的政策，直到现在，在中国的很多地区仍旧有正月不剃头的习俗，流传着“正月不剃头，剃头死舅”的俗语，俗语中的“死舅”其实正是“思旧”的意思，意为思念故国旧朝，以正月不剃头来表达自己不屈的反抗。