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2016年的《Deep History of East Asian Populations Revealed Through Genetic Analysis of the Ainu》一文对相关人群的全基因组数十万个SNP位点进行了研究，结果显示阿伊努人与相对比的其他人群都有较大差异，应是与其他人群较早分离的一支。如下图所示，在K=8的时候，阿伊努人几乎是清一色的灰色成分，这种灰色成分除了在日本人和部分东北亚族群有少量分布之外，其他人群基本没有。

以yoruba人群作为外围族群，比较各个东亚、西伯利亚人群与nganasan和itelmen的相似性，可见阿伊努人要相较于一般的东亚人群更接近东北亚人（itelmen）
但是若是将东亚以外的族群（sardinian、MA1、Karitiana、papuan）与阿伊努人和东亚人群（Ami、Atayal、Dai、Lahu、Sherpa）相对比，则是patterson D statistics的数值却显示这些东亚以外的族群与阿伊努或者东亚人都不太接近，在双方之间处于比较平衡的位置，这显示出阿伊努人的非东亚成分应该很少。

虽然阿伊努人和藏人的Y-DNA都有很高频的D，但是常染却显示双方几乎没有关联。藏人常染上东亚成分更多（这里包括高地和低地的东亚成分）。

以往有论文显示阿伊努人与美洲人群有联系，此处显示阿伊努人和东北亚人有联系，似乎东北亚可以作为联系阿伊努和美洲的中间桥梁，但是考虑到阿伊努人与美洲人群的常染差异很大，阿伊努人和美洲-东北亚人群应当是东亚人群中较早分出的两个人群，分离时间应当早于美洲人的祖先和西欧亚人混血（因为阿伊努人没有西欧亚成分），而东北亚的阿伊努成分应当是后来受到阿伊努的影响。