1929年春，在毛泽东与朱德之间发生了一场波及全军、异常激烈的关于军委与前委的权力之争论。在这场争论中，一向沉默寡言的林彪表现出鲜明的立场，坚定地站在毛泽东一边，主张废止军委机构，由前委代行军委职权。林彪为什么在朱毛之争中支持毛泽东呢？这主要是因为朱德与毛泽东在对军队的管理和控制上有着很大差异。

毛泽东与老总的区别在于，毛泽东是用“共产主义理想”控制部队，党支部建在连上，这个过程到古田会议才算真正完成。朱德靠什么掌控军队呢，这从朱德对袁崇全、刘安恭等人的使用中就可以看出。

袁崇全原来是红四军28团2营营长，在28年“八月失败”中率领部队叛变。现在一般认为，“八月失败”的主要原因是朱德、陈毅等人率领的南昌起义部队离开井冈山进军湖南，碰到强大敌人的结果，但这只是表象。真正的原因是29团的溃散和袁崇全率28团2营叛逃，导致朱德部损失过半，其实质是朱德、陈毅对部队失去了控制。“袁崇全叛逃”并非没有征兆。在范石生部反攻郴州时，袁崇全即“按兵不动”。在撤出郴州后的一次会上，一、三营领导当着袁崇全的面指出这个问题时，袁“暴跳如雷”，矢口否认。“会上吵得很凶，几乎动武，没有结果，不欢而散”。 另外，有人揭发二营营长袁崇全“从郴州撤出的路上，就想带着队走另外一条路，说这个人不可靠”。还有人反映袁崇全之前有议论：“靠红米南瓜打不出天下”，“井冈山红旗打不了多久”，“在红军里有多大奔头?莫说营长，就是军长也同士兵一样的起居饮食，一样的待遇，还不如国军一个排长！” 可惜，这都没引起朱德和军委(陈毅任红四军前委书记)的足够重视。

朱德虽接到了揭发，也只是“感觉这个人不可靠”，但陈毅等要求将其枪毙，朱德不同意。最后，召开紧急前委扩大会议，决定免去袁崇全的二营长职务，将袁“提拔”为团副，但朱德始终却没有执行。 在随后分兵去江西开展地方工作时，军部不仅仍派袁崇全带二营四个连先行出发，竟还将军部直属的机枪连和迫击炮连一并交由袁崇全指挥， 使其率部队叛变有了可能。朱德对袁崇全放纵到了令人不可思议的地步，有人认为是因为朱德为人厚道、宽容。但朱德当时对其它人并不宽容，就在袁崇全叛变前几天，朱德一次就枪毙了3 个与袁崇全平级的营级军官（周才兴、朴辛田、戴成丙），原因也是怕他们动摇逃跑，这说明朱德的“宽容”是因人而异的。

朱德之所以对袁崇全放纵，主要是因为袁崇全是红四军参谋长兼28团团长王尔琢的同乡（湖南石门），又是黄埔军校（一期）同学。在“南昌起义”前，王尔琢、袁崇全又同在25师74团。王、袁可谓是“一起下过乡，一起同过窗，一起扛过枪”的“同乡、同学、同团”的“三同”铁哥们儿，而王尔琢是朱德的“死党”。在“八月失败”中，在29团官兵不听朱德等人的劝阻，执意会湖南老家干革命，对朱德颇为不敬，甚至围攻朱德，气氛紧张到有发生兵变的可能。为此，朱德与王尔琢商量要武力解决29团（后被何长工制止了）。在当时那种环境中，朱德如果没有王尔琢、袁崇全及其他们掌握的二营（原25师74团余脉）等人的保护，很难控制军队，甚至没有安全感，王尔琢等人是朱德控制28团乃至红4军的主要依靠。这是朱德对王尔琢、袁崇全“利用各种封建形式结成无形的结合派”放纵的原因。朱德对王尔琢、袁崇全等人的放纵是为了拉拢他们，利用他们控制军队。朱德对其他人（周才兴、朴辛田、戴成丙）和29团官兵还是很严厉的。

在袁崇全叛变后，有的领导主张派林彪率一营把袁“打回来”，但王尔琢不同意，王坚持去把袁“喊回来”。王尔琢对自己与袁崇全的交情颇自信，王尔琢说：“我是他们的团长，我和他们同甘共苦、出生入死，他们会听我的。” 结果是“老乡见老乡，背后打一枪。 ”当王尔琢喊着袁崇全的名字：“你们回去吧，既往不咎，我担保！” 袁崇全等却拔枪就射，王尔琢立即中弹身亡。袁崇全及亲信却在二营的“包围”下得以逃脱。
袁崇全叛变了，王尔琢牺牲了，朱德控制红4军的能力受到重大打击，但刘安恭的到来使朱德又有了依靠。刘安恭与朱老总是同乡、同学（留洋）、同在川军“运动”过的“三同”，于1929年4月被派到红四军。陈毅说刘只适合当个副连长，最多是副营长，可一来就被朱德委以重任，5月红四军重新恢复军委，刘安恭担任中共红四军军委书记兼政治部主任，以后又被朱德任命为二纵队司令。

刘安恭也对朱德的重用给予回报，在他的主持下，临时军委会议作出决定：前委只讨论红四军的行动问题，不要管军队的其他事情。这就限制了上级党委——前委（毛泽东）的领导权。朱毛对刘安恭的做法表示了不同的态度。朱德表示赞同，毛泽东坚决反对，使红四军高层领导分歧公开化。刘安恭等要求成立军委，认为“既名四军，就要有军委”，建立军委是完成党的组织系统。他们还指责前委“管得太多”，“权力太集中”，不但“包办了下级党部的工作”，还代替了“群众组织”，甚至攻击前委领导是“书记专政”，有“家长制”的倾向。很明显，刘安恭的矛头主要是指向毛泽东。

在这场争论中，林彪表现出鲜明的立场，针锋相对地提出，现在红军只是一支四千多人的小部队，又处在频繁作战、游击动荡的环境之中，领导工作的中心还在军队，“军队指挥需要集中而敏捷”，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设重叠的机构。林彪说，如果在前敌委员会之下、纵队委员会之上再插入一个军委，人也是这些人，事也还是这些事，一层层议，一层层往下传，这实际上是一种只看外表不重结果的形式主义，这些形式主义者的要害在于试图成立军委，与党分权。”

林彪在会议上还将火力对准了亲自提拔过他的朱德。“朱德一贯喜欢说大话，吹牛皮，喜欢用政客手段和封建手法拉拢部下，形成团伙。这次他支持成立军委就是想借此脱离前委羁绊。”在给毛泽东的信中，林彪写到“现在四军里实有少数同志的领袖欲非常高涨，虚荣心极端发展。这些同志又在群众中是比较有地位的。因此，他们利用各种封建形式结成一无形的结合派，专门吹牛皮攻击别的同志。这种现象是破坏党的团结一致的，是不利于革命的，但是许多党员还不能看出这种错误现象起而纠正，并且被这些少数有领袖欲望的同志所蒙蔽。”

毛泽东在给林彪的复信中也提到类似问题：“从四军成立到去年八月重回边界为第一个时期，这时期包括边界这次战争的胜利和湘南的失败。党在这时期中不能有绝对的指挥权，小团体主义充分存在而发展，党不敢作调动枪枝上的尝试，红军后方兼顾主义与少数同志的红军本位主义是冲突的，军需制度和编制法规未能建立，个人支配政治和武器的事常常有的，这时候的党从连到军从它的实质说是处在一种从属的地位，在某些问题上是绝对听命于个人。” 欧阳毅的回忆：“袁崇全不相信党，他相信王尔琢团长.........”，毛的总结不是妄言。

当袁的种种叛变迹象被在会议上揭发出来时，朱碍于王尔琢的个人感情，便不执行会议的决定，不对袁采取防范措施........可见，个人小团体在朱部的影响力之大。朱德的队伍中虽然也有“党代表”，但基本不起什么作用，这从陈毅的回忆中可以读出，朱德根本不把他这个党代表放在眼里，甚至一度取消党代表。毛泽东在一封信中说:“朱部在湘南曾经取消了党代表，后来感觉不好，不能维持，到边界才又恢复过来.........” 。 在朱德的队伍中，“小团体主义充分存在和发展”必然导致其他多数人得不到公平，从而离心离德，以致最后部队的分崩离析。显然，林彪主要反对的是朱德“利用各种封建形式结成一无形的结合派”的治军方式。

现在很多人认为，正是在朱毛之争中支持毛泽东以后，林彪成了毛泽东的亲信，这是不准确的。林彪对毛泽东从来都不是一味的支持，对朱德也不是一味反对。即使在这期间，林彪对朱德积极打出井冈山的主张也是持支持的态度，并不支持毛泽东死守井冈山的主张，历史的发展表明，朱德、林彪这个主张是正确的。半年后，井冈山失守，红四军到达福建等地游动作战，最后形成了中央苏区。这期间，林彪无论是在公开和私下与毛泽东的通信中都对毛泽东当时提出的“一年争取江西的计划”持批评态度，认为它脱离实际“说大话”，这引来了毛泽东的一封信，这封信就是《星星之火可以燎原》。